Может ли ИП официально работать по трудовому договору в другой организации

Налоги предприниматель уплачивает при ведении бизнеса как налоговый агент или за себя как физлицо. ИП перечисляют налоги и взносы единым налоговым платежом. Какие налоги платит ИП при разных системах налогообложения, как оплачивать и заполнить платежное поручение, читайте в рекомендации Системы Главбух.
Когда ИП может работать по трудовому договору в другой организации
Предприниматель может работать по трудовому договору в другой организации, это не запрещено. Но есть пару исключений, когда ИП не может оформиться в другую организацию по найму.
Так исключения устанавливают в нормативно правовых актах. Например, существует запрет на осуществление предпринимательской деятельности для сотрудников государственных корпораций, публично-правовых и государственных компаний, занимающих определенные должности (п. 1 ст. 23 ГК РФ, ч. 1 ст. 77, ст. ст. 80, 81, 83 ТК РФ).
Когда компания может оформить ИП по трудовому договору
Законодательство не запрещает заниматься предпринимательской и трудовой деятельностью одновременно. Если гражданин имеет статус предпринимателя и не работает по трудовому договору в другом месте, его можно принять на основное место работы в организации. В данном случае нет оснований принимать сотрудника по совместительству, так как у него нет другого места работы.
Необходимо учитывать, что трудовой договор заключают именно с физическим лицом, а не с индивидуальным предпринимателем. В противном случае это будет рассматриваться как гражданско-правовой договор на выполнение работ или оказание услуг. Узнайте, как правильно заключить трудовой договор.
Может ли сотрудник, который открыл ИП, работать по трудовому договору
Сотрудник, который уже работает по трудовому договору, вправе открыть свое ИП. Однако, из-за такой регистрации работник не обязан увольняться по собственному желанию, а работодатель не вправе уволить его по своей инициативе. Кроме того, регистрация ИП не является основанием для прекращения трудового договора по обстоятельствам, не зависящим от воли его сторон (п. 1 ст. 23 ГК РФ; ч. 1 ст. 77, ст. ст. 80, 81, 83 ТК РФ).
Отметим, что работник и работодатель могут заменить трудовой договор на ГПД после регистрации ИП. В таком случае трудовой договор надо прекратить, например, на основании соглашения сторон либо заявления работника об увольнении по собственному желанию. А после этого заключить гражданско-правовой договор. Но надо учитывать, что формальная переквалификация трудовых отношений в гражданско-правовые приведет к доначислениям.
ИП и трудовой договор: налоги и взносы при совмещении работы по найму
НДФЛ должны удержать и заплатить в бюджет налоговые агенты, которые выступают источниками дохода. При трудовом договоре налоговым агентом является работодатель, независимо от наличия статуса ИП.
Организация не обязана удерживать НДФЛ в случаях:

если выплачивает доход предпринимателю или другому человеку, занимающемуся частной практикой (ст. 227 НК);
если выплачивает доход, налог с которого получатели платят самостоятельно (п. 1 ст. 228 НК).

На выплаты по трудовому договору страховые взносы также начисляют независимо от того, зарегистрирован сотрудник в качестве предпринимателя или нет. Дело в том, что трудовые договоры заключают именно с гражданами.
Причем ничто не мешает одновременно заключить и трудовой, и гражданско-правовой договор с одним и тем же человеком. Тогда с выплат по трудовому договору работодатель должен будет начислить страховые взносы и удержать НДФЛ, а по гражданско-правовому, где исполнитель – предприниматель, – нет.