Научную работу он посвятил духовно-нравственному воспитанию спортсменов. Кандидатскую диссертацию Фёдор Емельяненко защитил 6 декабря на диссертационном совете НИУ «БелГУ». Темой работы старооскольского спортсмена стало воспитание духовно-нравственных качеств личности спортсменов в смешанном боевом единоборстве на учебно-тренировочном этапе. О защите сам Емельяненко рассказал в своих соцсетях.Председателем диссертационного совета, перед которым выступал Фёдор, была доктор педагогических наук и профессор кафедры дошкольного специального образования Людмила Волошина. Научным руководителем Емельяненко стал также доктор педагогических наук, профессор кафедры физического воспитания БелГУ Виктор Кондаков.Сам боец отметил, что Союз ММА России помог ему с научно-исследовательской деятельностью для диссертации, а также организовывал круглые столы и научные конференции.Виктор Кондаков ещё в 2021 году отмечал, что работа Фёдора восполняет пробел в системе воспитания молодых спортсменов:«Если говорить о духовно-нравственных факторах в системе подготовки молодёжи в единоборствах, то в настоящее время эта работа проводится бессистемно и эпизодически».. В своей диссертации Емельяненко обосновал критерии и показатели воспитания духовно-нравственных качеств при подготовке бойцов, описал условия воспитания и разработал функциональную модель воспитания таких качеств в единоборствах.
