Если учредитель позволил расходы по сданному в аренду имуществу нести за счет субсидии...

То учреждение накажут за "нецелевку", а руководитель органа-учредителя будет оштрафован по ст. 15.15.5 КоАП за нарушение условий предоставления субсидии.