Discovery and characterization of variance QTLs in human induced pluripotent stem cells
by Abhishek K. Sarkar, Po-Yuan Tung, John D. Blischak, Jonathan E. Burnett, Yang I. Li, Matthew Stephens, Yoav Gilad
Quantification of gene expression levels at the single cell level has revealed that gene expression can vary substantially even across a population of homogeneous cells. However, it is currently unclear what genomic features control variation in gene expression levels, and whether common genetic variants may impact gene expression variation. Here, we take a genome-wide approach to identify expression variance quantitative trait loci (vQTLs). To this end, we generated single cell RNA-seq (scRNA-seq) data from induced pluripotent stem cells (iPSCs) derived from 53 Yoruba individuals. We collected data for a median of 95 cells per individual and a total of 5,447 single cells, and identified 235 mean expression QTLs (eQTLs) at 10% FDR, of which 79% replicate in bulk RNA-seq data from the same individuals. We further identified 5 vQTLs at 10% FDR, but demonstrate that these can also be explained as effects on mean expression. Our study suggests that dispersion QTLs (dQTLs) which could alter the variance of expression independently of the mean can have larger fold changes, but explain less phenotypic variance than eQTLs. We estimate 4,015 individuals as a lower bound to achieve 80% power to detect the strongest dQTLs in iPSCs. These results will guide the design of future studies on understanding the genetic control of gene expression variance.
Новости России
Москва
Пластический хирург Александр Вдовин: мифы вокруг операции по удалению комков Биша
Moscow.media
Частные объявления сегодня
В Подмосковье сотрудники Росгвардии провели встречу со студентами финансового университета
Росгвардия обеспечила правопорядок на футбольном матче «ЦСКА» - «Краснодар» в Москве
Росгвардейцы Чувашии стали бронзовыми призерами Чемпионата войск национальной гвардии по мини-футболу
Росгвардия обеспечила безопасность футбольного матча в Дагестане
Свыше трёх тысяч зависимых в Свердловской области уже приняли решение избавиться от смертельной привычки
В Москве с успехом прошла осенняя выставка «Интерткань»
Говорит Земля! Comedy Radio зазвучит в сатирической комедии
«Сделай мне больно»: что такое мазохизм — разбираемся с психологом
Rangers Star Insists ‘Some Moments’ Have Showed Gers’ Quality
Frustrated Hamilton had to "yank" steering wheel in Azerbaijan GP
Russia to finance encyclopedia of Islam
Premier League clubs showing frustration over secretive Manchester City trial
Пластический хирург Александр Вдовин: мифы вокруг операции по удалению комков Биша
Главным врагом хорошей улыбки россияне назвали цены у стоматологов
«Граф Монте-Кристо» выходит в России при поддержке Relax FM
Default app 3 (Кейс симулятор Standoff 2)
The Sims Project Stories будет новой мобильной игрой вместо Project Rene
Microsoft's recyclobot uses machine learning and computer vision to open and recycle 90% of hard drive components
Пластический хирург Александр Вдовин: мифы вокруг операции по удалению комков Биша
Росгвардия обеспечила правопорядок на футбольном матче «ЦСКА» - «Краснодар» в Москве
В Подмосковье сотрудники Росгвардии провели встречу со студентами финансового университета
В Подмосковье сотрудники Росгвардии провели встречу со студентами финансового университета
В Подмосковье сотрудники Росгвардии провели встречу со студентами финансового университета
В Петербурге снесут два жилых дома для строительства путей ВСМ
Михаил Тройник, Дмитрий Власкин, Михаил Тарабукин на съемках сериала «Солдатская мать»
В Подмосковье сотрудники Росгвардии провели встречу со студентами финансового университета
Россияне определились с самыми популярными курортами страны для осеннего отдыха с детьми
Библиотека №186 приглашает детей на встречу «Путешествуем по России» 26 сентября
Мининский университет вошел в топ-5 педагогических вузов России
Защитник «Спартака» Абена: «Я полностью красно-белый. С самого начала очень рад быть здесь»
Касаткина обыграла 105-ю ракетку мира из США и вышла в 1/4 финала турнира в Сеуле
Теннисистка Потапова: считаю Квинси Промеса одной из легенд «Спартака»
Александрова вышла во второй круг турнира WTA в Сеуле
«Совесть не позволила»: Надежда Гуськова в юности попадала в клубы оригинальным способом
“Даже не интересуются”, – 78-летний Геннадий Хазанов с упреком обратился к москвичам в важный день
В Воскресенске задержали одного из подростков, избивших 18-летнего юношу
Россияне определились с самыми популярными курортами страны для осеннего отдыха с детьми
Звезды российского балета на сцене Кремлевского дворца: юбилейная программа “Postscript: лучшее”
Музыкальные новости
Джиган и Самойлова рассказали о новом увлечении
Дочь Оззи Осборна призналась в получении наркотиков от врачей в детстве
Бах vs. Моцарт. Орган vs Рояль
Песня В честь дня первой любви
Песня В честь дня первой любви
Росгвардия обеспечила правопорядок на футбольном матче «ЦСКА» - «Краснодар» в Москве
Росгвардия обеспечила безопасность футбольного матча в Дагестане
В Подмосковье сотрудники Росгвардии провели встречу со студентами финансового университета
Пластический хирург Александр Вдовин: мифы вокруг операции по удалению комков Биша
«Как ты мог?»: Бакальчук записала обращение к мужу после стрельбы у офиса
Агент Сафонов: Дзюба в «Акроне» может так стрельнуть, что все офигеют!
Заговорщики в Белоруссии планировали расстрелять вертолет с Лукашенко
Алсу высказалась о борьбе за имущество в Великобритании
Ветеран войск правопорядка принял участие в мотопробеге «Наследники Победы в строю! Навстречу 80-летию Великой Победы»
Столичные росгвардейцы задержали автомобиль, находящийся в розыске
Источник 360.ru: в Москве произошло смертельное ДТП с мотоциклом и легковушкой
На новые авто — ставки ниже. «Выберу.ру» составил рейтинг лучших автокредитов в сентябре 2024 года
Песков: Путин выступит на Российской энергетической неделе
Путин наградил преподавательский состав МГИМО орденом Александра Невского
Путин приветствовал участников Юридического форума БРИКС
Кремль сообщил о подготовке выступления Путина на РЭН
Иван Дроботов: «Молоток — неподходящий инструмент решения политических конфликтов»
Пациентку с почти полуметровой опухолью спасли в подмосковной Лобне
Подросток на спор съел головку чеснока и попал в реанимацию в Москве
Роль питания в управлении здоровьем обсудят на форуме OpenBio-2024
Пластический хирург Александр Вдовин: мифы вокруг операции по удалению комков Биша
Трамп и Харрис говорят Зеленскому «может быть»: неопределенность места встречи унизительна для Киева
Πpeɜидeнт Μeκcиκи нe пοeдeт в Κиeв: в Μexиκο дaли пοнять, чтο нe xοтят ввяɜывaтьcя в уκpaинcκиe пpοблeмы
Глава офиса Зеленского ответил на предложение министра иностранных дел Польши по
Росгвардия обеспечила безопасность футбольного матча в Дагестане
В Москве росгвардейцы приняли участие в обеспечении безопасности во время проведения спортивных мероприятий
Росгвардия обеспечила правопорядок на футбольном матче «ЦСКА» - «Краснодар» в Москве
Офицер Росгвардии спас жизнь мужчине в Москве
Лукашенко захотел разочаровать международных наблюдателей
Лукашенко заявил о желании разочаровать международных наблюдателей на выборах
Лукашенко заявил о намерении разочаровать международных наблюдателей на выборах
Собянин рассказал о сервисе проверки карты москвича
МСД вошел в тройку самых популярных магистралей Москвы – Сергей Собянин
Собянин: Гранты города помогают НКО в реализации социально значимых проектов
Сергей Собянин: Стремимся быть самыми лучшими по всем направлениям
Экологическая симфония: названы лауреаты Премии ECO BEST!
В МГРИ стартовала программа по изучению изменений климата и экологии
В Московской области сотрудники Росгвардии приняли участие в экологической акции
Жара — только начало: Человечеству предрекли волну катаклизмов, от которой не спастись
В Воскресенске задержали одного из подростков, избивших 18-летнего юношу
“Даже не интересуются”, – 78-летний Геннадий Хазанов с упреком обратился к москвичам в важный день
Мининский университет вошел в топ-5 педагогических вузов России
Суд арестовал 20 обвиняемых по делу о стрельбе у офиса Wildberries
Новый пассажирский поезд свяжет прямым сообщением Архангельск и Кисловодск
Прямой поезд Архангельск — Кисловодск начнет курсировать в декабре
Территорию у метро «Бульвар Генерала Карбышева» ждёт масштабное озеленение
Выставка «Времени живая нить» открылась в Доме народного творчества в Архангельске
Патриотический час «Три цвета красками сияют – в Крыму день флага отмечают».
Час исторической славы «Сказание о битве Куликовской»
Презентация экстравагантного учебника по журналистике прошла в Крыму
В Москве установили рекорд по количеству свадеб летом
Четырем подельникам по РДК актера из «Глухаря» Канахина грозит пожизненное
Эксперты оценили значимость строительства МСД для столицы
«112»: сын певицы Понаровской Энтони Родд умер в Москве