by Abigail L. Labella, Dana A. Opulente, Jacob L. Steenwyk, Chris Todd Hittinger, Antonis Rokas
Variation in synonymous codon usage is abundant across multiple levels of organization: between codons of an amino acid, between genes in a genome, and between genomes of different species. It is now well understood that variation in synonymous codon usage is influenced by mutational bias coupled with both natural selection for translational efficiency and genetic drift, but how these processes shape patterns of codon usage bias across entire lineages remains unexplored. To address this question, we used a rich genomic data set of 327 species that covers nearly one third of the known biodiversity of the budding yeast subphylum Saccharomycotina. We found that, while genome-wide relative synonymous codon usage (RSCU) for all codons was highly correlated with the GC content of the third codon position (GC3), the usage of codons for the amino acids proline, arginine, and glycine was inconsistent with the neutral expectation where mutational bias coupled with genetic drift drive codon usage. Examination between genes’ effective numbers of codons and their GC3 contents in individual genomes revealed that nearly a quarter of genes (381,174/1,683,203; 23%), as well as most genomes (308/327; 94%), significantly deviate from the neutral expectation. Finally, by evaluating the imprint of translational selection on codon usage, measured as the degree to which genes’ adaptiveness to the tRNA pool were correlated with selective pressure, we show that translational selection is widespread in budding yeast genomes (264/327; 81%). These results suggest that the contribution of translational selection and drift to patterns of synonymous codon usage across budding yeasts varies across codons, genes, and genomes; whereas drift is the primary driver of global codon usage across the subphylum, the codon bias of large numbers of genes in the majority of genomes is influenced by translational selection.
Весь мир чипировали умом Ленина?! Раскрыта загадка Мавзолея В.И. Ленина. Проект "Святой Ленин".
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Свыше 5,2 миллиона жителей Московского региона получают набор социальных услуг в натуральном виде
Дивный новый мир цифровизации: в Москве пройдет Форум «Время цифры»
Пушинка из Космоса спасёт либо снесёт США? Научные важные данные. Проект «Святой Ленин».
Терминал сбора данных (ТСД) промышленного класса SAOTRON RT42G
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Свыше 5,2 миллиона жителей Московского региона получают набор социальных услуг в натуральном виде
Аккумулятор неанонсированного Samsung Galaxy Z Fold6 Ultra сертифицировали
Количество «брака» в биомедицинских работах увеличилось в четыре раза за 20 лет
Пушинка из Космоса спасёт либо снесёт США? Научные важные данные. Проект «Святой Ленин».
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Свыше 5,2 миллиона жителей Московского региона получают набор социальных услуг в натуральном виде
В филиалах АО "Желдорреммаш" прошли мероприятия ко Дню защиты детей
Праздник для детей и родителей-доноров в центре трансплантологии имени академика Шумакова
Собянин: Новый корпус больницы святого Владимира планируется открыть в 2025 году
Судебная система России защитила врача «Евроонко» Екатерину Тимофееву, поддержав ее позицию в споре с некой травницей, обещающей вылечить рак с помощью фиточая
3 детские зубные щетки "Ревилайн" по цене 2 в магазине "Ирригатор.ру" ко Дню защиты детей