by Luis U. Aguilera, William Raymond, Zachary R. Fox, Michael May, Elliot Djokic, Tatsuya Morisaki, Timothy J. Stasevich, Brian Munsky
Advances in fluorescence microscopy have introduced new assays to quantify live-cell translation dynamics at single-RNA resolution. We introduce a detailed, yet efficient sequence-based stochastic model that generates realistic synthetic data for several such assays, including Fluorescence Correlation Spectroscopy (FCS), ribosome Run-Off Assays (ROA) after Harringtonine application, and Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP). We simulate these experiments under multiple imaging conditions and for thousands of human genes, and we evaluate through simulations which experiments are most likely to provide accurate estimates of elongation kinetics. Finding that FCS analyses are optimal for both short and long length genes, we integrate our model with experimental FCS data to capture the nascent protein statistics and temporal dynamics for three human genes: KDM5B, β-actin, and H2B. Finally, we introduce a new open-source software package, RNA Sequence to NAscent Protein Simulator (rSNAPsim), to easily simulate the single-molecule translation dynamics of any gene sequence for any of these assays and for different assumptions regarding synonymous codon usage, tRNA level modifications, or ribosome pauses. rSNAPsim is implemented in Python and is available at: https://github.com/MunskyGroup/rSNAPsim.git.
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Более 12 тысяч жителей Москвы и Московской области получают повышенную пенсию за работу в сельском хозяйстве
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Родители 240,5 тыс. детей в Московской области получают единое пособие
АНДРЕЙ БЕЛОУСОВ И "СВЯТОЙ ЛЕНИН" ОТКЛЮЧАЮТ НАСТОЯЩИХ ПИРАТОВ?!
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
В Московском регионе более 62 тысяч семей распорядились материнским капиталом через банки
'Maybe this new Stardew Valley-like game is pretty good' I said to myself after blearily noticing I'd played it until 2 in the morning
Прохождение элитного подземелья «Лесной алтарь» в Tarisland
Dustborn let me smash fascists and flirt with my situationship on a road trip across America
The latest friendship-ruining co-op game on Steam is a punishing platformer where you're chained to your pals, and it's about to crack 100,000 concurrent players
В МВД сообщили, что Колокольцев проведет переговоры с замгенсека ООН в США
Губерниев: не считаю предателями тех, кто меняет спортивное гражданство
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Более 12 тысяч жителей Москвы и Московской области получают повышенную пенсию за работу в сельском хозяйстве