TAMC: A deep-learning approach to predict motif-centric transcriptional factor binding activity based on ATAC-seq profile
by Tianqi Yang, Ricardo Henao
Determining transcriptional factor binding sites (TFBSs) is critical for understanding the molecular mechanisms regulating gene expression in different biological conditions. Biological assays designed to directly mapping TFBSs require large sample size and intensive resources. As an alternative, ATAC-seq assay is simple to conduct and provides genomic cleavage profiles that contain rich information for imputing TFBSs indirectly. Previous footprint-based tools are inheritably limited by the accuracy of their bias correction algorithms and the efficiency of their feature extraction models. Here we introduce TAMC (Transcriptional factor binding prediction from ATAC-seq profile at Motif-predicted binding sites using Convolutional neural networks), a deep-learning approach for predicting motif-centric TF binding activity from paired-end ATAC-seq data. TAMC does not require bias correction during signal processing. By leveraging a one-dimensional convolutional neural network (1D-CNN) model, TAMC make predictions based on both footprint and non-footprint features at binding sites for each TF and outperforms existing footprinting tools in TFBS prediction particularly for ATAC-seq data with limited sequencing depth.
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
В этом году Отделение СФР по Москве и Московской области компенсировало стоимость полиса ОСАГО 1 192 жителям региона
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
Доктор Юзуп рассказала, как реакция организма на продукты может рассказать о скрытых заболеваниях
«585*ЗОЛОТОЙ» запускает новый сезон проекта об истории культовых мировых украшений
Жители Пензы помогут сделать родной город чище
Как увеличить прибыль клиники до 30%, повысив квалификацию врачей
Deontay Wilder Rules Out Incredible Comeback Fight Offer: “Not Interested”
Eleven sensational Premier League transfers that could yet be done including huge deals for Man Utd and Chelsea
America ramps up hunt for Hamas boss Yahya Sinwar to try to stop all-out Middle East war
Former Jamaica ace hopes new guide for mums in football leads to better support for female players with children
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
500 первоклассников получили подарки от строителей АО "ДиМ"
ТСМ уложил более 684 тыс. тонн дорожного покрытия в Пермском крае
Мафия-НН: В уютном ресторанчике в центре города встретились девять одноклассников, чтобы отпраздновать Новый Год и провести веселый вечер
Clair Obscur: Expedition 33 creative director speaks about the dark fantasy RPG's stunning Unreal Engine 5 graphics: 'It’s a key foundation for the studio to really look for the latest technology'
10 tips to get started in Star Wars Outlaws
Выживач Tiles of Survive доступен в Google Play 27 стран
Отделение СФР по Москве и Московской области предостерегает: не поддавайтесь на уловки мошенников!
Мегадискотека Детского радио «Дети как звезды!» пройдет 1 сентября в Москве и Санкт-Петербурге
Радио Romantika рекомендует open-air «Легенды мирового рока»
Радио Romantika рекомендует open-air «Легенды мирового рока»
Мегадискотека Детского радио «Дети как звезды!» пройдет 1 сентября в Москве и Санкт-Петербурге
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
В «Художественном» показали три короткометражки проекта «От идеи до премьеры»
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
В Подольске прошел всероссийский фестиваль дворового футбола
В Котельниках объявлен конкурс на строительство детского сада на 150 мест
Сетевая война. Как "спящие" телеграм-каналы вбрасывают фальшивые новости
Шойгу находился в осаде или создал крепостные стены?
Гауфф не оставила шансов Грачевой в первом круге турнира US Open-2024
Конкурентка Рыбакиной на US Open жестко прошлась по WTA
У Сейбота Уайлда в конце матча с Рублевым начались судороги
Шелтон о достижениях Тима на «Больших шлемах»: «Четыре финала и титул – то, о чем дети могут только мечтать. Я имею в виду себя, это было не так давно»
Сетевая война. Как "спящие" телеграм-каналы вбрасывают фальшивые новости
Шойгу находился в осаде или создал крепостные стены?
Озвучены шесть условий мира: Стали известны итоги ключевой встречи с участием Путина
На строительство моста в Вязьме выделили почти 1,8 миллиарда рублей
Музыкальные новости
«Ее родители устроили в больничку»: Шура рассказал о состоянии Глюкозы после громкого скандала
Директором Оркестра джазовой музыки Лундстрема стала Татьяна Сальникова
Певец Андрей Макаревич назвал мужественной Аллу Пугачеву
Отделение СФР по Москве и Московской области предостерегает: не поддавайтесь на уловки мошенников!
Концерты при свечах в усадьбе XIX века при поддержке Relax FM
Мегадискотека Детского радио «Дети как звезды!» пройдет 1 сентября в Москве и Санкт-Петербурге
Радио Romantika рекомендует open-air «Легенды мирового рока»
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
Подельники Чубайса попались: "Остапу Бендеру XXI века" отрезали щупальца в России
Московский экономический форум на Алтае: Подобные проблемы мы уже видели в Крыму!
ГПМ Радио участвует в деловой программе Московского медиафестиваля на ВДНХ
В результате ДТП в Москве погибла женщина и пострадал ребенок
Прокуратура Москвы возбудила дело о смертельном ДТП на 1-й Владимирской улице
Отечественные грузовые шины прошли испытания в рамках ралли-марафона «Шелковый путь–2024»
Иномарка насмерть сбила женщину на востоке Москвы
В Арктике разворачивается «гонка вооружений». США пытаются препятствовать сотрудничеству РФ и КНР
"Путин все понял". На Западе сделали неожиданное заявление о России
Михаил Евраев доложил Президенту России Владимиру Путину о развитии Ярославской области
Суд признал законной блокировку сайта независимого саратовского издания
Что известно о новой опасной болезни, которую вызывают вейпы и электронные сигареты
Форум «Активное долголетие в Подмосковье» прошел в Одинцове
Доктор Юзуп рассказала, как реакция организма на продукты может рассказать о скрытых заболеваниях
Из желудка московской школьницы, любившей есть волосы, достали гигантский полуметровый ком
Киев посадит за штурвалы пенсионеров: что еще выпросит Зеленский на предстоящей встрече с Байденом
В Киеве обвинили Зеленского в краже денег у пенсионеров
Росгвардейцы обеспечили безопасность на футбольных матчах РПЛ в Москве
Отечественные грузовые шины прошли испытания в рамках ралли-марафона «Шелковый путь–2024»
Форум «Активное долголетие в Подмосковье» прошел в Одинцове
«Спартак» победил «Динамо» в матче Кубка мэра Москвы
Лукашенко заявил, что не позволит белорусской армии воевать за пределами страны
На 99%: чем опасен возможный разворот Минска от Москвы в сторону Запада?
Лукашенко заявил, что не прикажет военным идти воевать за пределы страны
Сергей Собянин рассказал, как Москва поддерживает многодетные семьи
Собянин: В Филимонковском районе открывается новое здание школы № 1392
Мэр Москвы рассказал о ходе строительства нового автомобильного моста
Сергей Собянин. Главное за день
В Сбере назвали изменение климата одним из главных рисков в следующие 10 лет
В Арктике разворачивается «гонка вооружений». США пытаются препятствовать сотрудничеству РФ и КНР
Ивановское торнадо: как в центре России 9 июня 1984 года летали дома и коровы
В Москве задержали подозреваемого в расправе над бездомными в Бутовском парке
Семья из Воскресенска переехала из аварийного дома в новую квартиру
На строительство моста в Вязьме выделили почти 1,8 миллиарда рублей
Сын задержанного генерала Попова два года торговал в интернете военной амуницией
Московский экономический форум на Алтае: Подобные проблемы мы уже видели в Крыму!
Портативный ТСД корпоративного класса Saotron RT-T70
В Арктике разворачивается «гонка вооружений». США пытаются препятствовать сотрудничеству РФ и КНР
КНР и РЖД связывают три буквы — СМП. Арктический экспресс принял эстафету у китайских моряков и повёл по железным дорогам России контейнеры с Севморпути
Денис Мантуров встретился с губернатором Архангельской области Александром Цыбульским
Акция-настроение «С книжных страниц – на большой экран»
Людей чудом не оказалось на остановке, в которую влетела BMW
Книжная выставка
«Без меня народ не полный…»
к 125-летию со дня рождения А.П.Платонова,
русского и советского писателя, поэта и публициста, драматурга.
Часть Симферполя без света, Евпатория и часть Ялты без воды
Семья из Воскресенска переехала из аварийного дома в новую квартиру
Сетевая война. Как "спящие" телеграм-каналы вбрасывают фальшивые новости
Московский экономический форум на Алтае: Подобные проблемы мы уже видели в Крыму!
Сын задержанного генерала Попова два года торговал в интернете военной амуницией