A subcomponent-guided deep learning method for interpretable cancer drug response prediction
by Xuan Liu, Wen Zhang
Accurate prediction of cancer drug response (CDR) is a longstanding challenge in modern oncology that underpins personalized treatment. Current computational methods implement CDR prediction by modeling responses between entire drugs and cell lines, without the consideration that response outcomes may primarily attribute to a few finer-level ‘subcomponents’, such as privileged substructures of the drug or gene signatures of the cancer cell, thus producing predictions that are hard to explain. Herein, we present SubCDR, a subcomponent-guided deep learning method for interpretable CDR prediction, to recognize the most relevant subcomponents driving response outcomes. Technically, SubCDR is built upon a line of deep neural networks that enables a set of functional subcomponents to be extracted from each drug and cell line profile, and breaks the CDR prediction down to identifying pairwise interactions between subcomponents. Such a subcomponent interaction form can offer a traceable path to explicitly indicate which subcomponents contribute more to the response outcome. We verify the superiority of SubCDR over state-of-the-art CDR prediction methods through extensive computational experiments on the GDSC dataset. Crucially, we found many predicted cases that demonstrate the strength of SubCDR in finding the key subcomponents driving responses and exploiting these subcomponents to discover new therapeutic drugs. These results suggest that SubCDR will be highly useful for biomedical researchers, particularly in anti-cancer drug design.
Читайте также:
11.08.2024 13:30
11.08.2024 13:35
11.08.2024 13:30
11.08.2024 13:37
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Мари Краймбрери, Звонкий, DAASHA выступят на марафоне «Авторадио»
«Сады и люди»: что можно увидеть рассказывает Радио Romantika
Большой стадионный концерт MACAN в Москве при поддержке Like FM
Квартальная выручка Freedom Holding Corp. выросла до $450,7 млн
Как записать начальника в телефоне
«Сады и люди»: что можно увидеть рассказывает Радио Romantika
Мари Краймбрери, Звонкий, DAASHA выступят на марафоне «Авторадио»
BIA Technologies наградила победителей международного конкурса математических докладов Best Paper Award
Evolving Trends in Realistic Sex Doll Manufacturing
Angel Ayala Twice Floors Dave Apolinario In 6th Round Knockout To Win IBF Flyweight Title
Hidden Sky setting instantly improves TV guide – all it takes is three clicks on your remote
The Rise of Robotic Realism: Exploring the Future of Sex Dolls
Большой стадионный концерт MACAN в Москве при поддержке Like FM
Кроссоверы Москвич — а что в них российского?
Обложка песни. Обложки альбомов песен.
Власти страны отказываются от легких водительских денег, VW скандалит, АВТОВАЗ торопится: итоги недели
Фанаты серии игр Legacy Of Kain смогут получить легендарный меч Похититель душ
You can get every Dragon Age game yet made for just $10 in EA's August Steam sale
Geralt's voice actor confirms he'll be in the next Witcher, but not as the main character: 'Geralt will be part of the game'
Be a cute platypus, solve some Zelda-style puzzles, in Ogu and the Secret Forest
Преимущества автоматики для ворот Came
Школьник получил ожоги глаз из-за химического эксперимента в квартире в Москве
Посол Палестины сообщил, что президент Аббас посетит Москву 12-14 августа
Мари Краймбрери, Звонкий, DAASHA выступят на марафоне «Авторадио»
Уголовное дело возбудили после смертельного ДТП с каршерингом в Москве
День строителя: какие высокотехнологичные решения предлагают столичные промышленники для строительной отрасли
Артист Грек пожертвовал миллионы на борьбу с искусственным интеллектом, чтобы защитить будущее
Президент Палестины Махмуд Аббас посетит Москву
Жители Домодедова отправят гуманитарную помощь в Курскую область
Калинская снялась с матча с Анисимовой на турнире WTA в Торонто после первого сета
Казахстанский юниор потренировался с теннисистом из топ-10 рейтинга ATP
Ма Лун — первый в истории Китая обладатель шести золотых медалей Олимпийских игр
Героиня России на Олимпиаде-2024: родилась в Жигулевске, поступила в универ в США, носит косынку
ФПК назначила дополнительные поезда Белгород – Москва
Эксперимент с ракетным топливом обернулся ожогами: московский подросток оказался в больнице
Маломобильным гостям форума-фестиваля «Москва 2030» помогут на «Станции Манеж»
Эксперты рассказали об эффекте от строительства трасс для развития районов Москвы
Музыкальные новости
Обложка песни. Обложки альбомов песен.
Обложка песни. Обложки альбомов песен. Сделать обложку для песни.
Композитор Игорь Яковенко совместно с барабанщиком Петром Ившиным выпустил альбом
Бен Аффлек и Дженнифер Лопес тайно развелись месяц назад
Байден: моим главным обязательством перед США является победа над Трампом
Обложка песни. Обложки альбомов песен. Сделать обложку для песни.
Боррель: удару по школе в Газе нет оправдания
«Я тебя выкину за шкиваретник»: клиентка Wildberries разбила телефон сотруднице ПВЗ
ФПК назначила дополнительные поезда Белгород – Москва
Необычная стена из растений появилась у входа в Московский зоопарк
Посол Палестины сообщил, что президент Аббас посетит Москву 12-14 августа
В Москве задержали врезавшегося в дом на машине каршеринга подростка
Александр Цыбульский: "Наша задача - создать конкурентную экономику будущего"
Летевший из Москвы в Сыктывкар самолет перенаправили в Архангельск
Жизнь людей под угрозой: В Архангельской области обнаружили 288,5 метра бесхозного газопровода
Перспективы совершенствования оказания медицинской помощи в АЗРФ обсудили на форуме «Арктика — Регионы»
В Крыму задержали завотдела одной из симферопольских больниц за взятку
«Жизнь. Творчество. Судьба»
к 130-летию со дня рождения писателя, драматурга, переводчика
М. М. Зощенко
Мы вернулись домой, уставшие, но как же хорошо в парке, все питомцы рады тебя видеть)
За издевательство над бездомным в Симферополе задержали двух треш-стримеров
Жители Домодедова отправят гуманитарную помощь в Курскую область
СК возбудил дело после смертельного ДТП с водителем-подростком в Москве
Инспекторы ЦОМП дежурят на выставке «Станция Манеж. Московский транспорт 2030»
Необычная стена из растений появилась у входа в Московский зоопарк