Добавить новость
ru24.net
News in English
Февраль
2024

A novel batch-effect correction method for scRNA-seq data based on Adversarial Information Factorization

0

by Lily Monnier, Paul-Henry Cournède

Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technology produces an unprecedented resolution at the level of a unique cell, raising great hopes in medicine. Nevertheless, scRNA-seq data suffer from high variations due to the experimental conditions, called batch effects, preventing any aggregated downstream analysis. Adversarial Information Factorization provides a robust batch-effect correction method that does not rely on prior knowledge of the cell types nor a specific normalization strategy while being adapted to any downstream analysis task. It compares to and even outperforms state-of-the-art methods in several scenarios: low signal-to-noise ratio, batch-specific cell types with few cells, and a multi-batches dataset with imbalanced batches and batch-specific cell types. Moreover, it best preserves the relative gene expression between cell types, yielding superior differential expression analysis results. Finally, in a more complex setting of a Leukemia cohort, our method preserved most of the underlying biological information for each patient while aligning the batches, improving the clustering metrics in the aggregated dataset.



Moscow.media
Частные объявления сегодня





Rss.plus




Спорт в России и мире

Новости спорта


Новости тенниса
Анна Курникова

43-летняя Анна Курникова не может передвигаться без инвалидного кресла






«Спартак» вернет Промеса и купит форварда, лидеры «Краснодара» уедут к арабам. Трансферы и слухи дня

Герой не хуже Штирлица: Кто вдохновил авторов знаменитого советского телефильма о разведчиках

Овчинский: на Восточной улице построят дом по реновации

Утиные чипсы и гонконгские вафли: главные гастрохиты китайского Нового года в Москве