Supporting data for "Hecatomb: An Integrated Software Platform for Viral Metagenomics"
Modern sequencing technologies offer extraordinary opportunities for virus discovery and virome analysis. Annotation of viral sequences from metagenomic data requires a complex series of steps to ensure accurate annotation of individual reads and assembled contigs. In addition, varying study designs will require project specific statistical analyses.
Here we introduce Hecatomb, a bioinformatic platform coordinating commonly used tasks required for virome analysis. Hecatomb means “a great sacrifice”. In this setting, Hecatomb is “sacrificing” false-positive viral annotations using extensive quality control and tiered-database searches. Hecatomb processes metagenomic data obtained from both short and long read sequencing technologies, providing annotations to individual sequences and assembled contigs. Results are provided in commonly used data formats useful for downstream analysis. Here we demonstrate the functionality of Hecatomb through the reanalysis of a primate enteric and a novel coral reef virome.
Hecatomb provides an integrated platform to manage many commonly used steps for virome characterization including rigorous quality control, host removal and both read- and contig-based analysis. Each step is managed using the Snakemake workflow manager with dependency management using Conda. Hecatomb outputs several tables properly formatted for immediate use within popular data analysis and visualization tools enabling effective data interpretation for a variety of study designs.
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
Радио Romantika рекомендует open-air «Легенды мирового рока»
Соцфонд проиндексирует пенсии работающим пенсионерам в феврале
Как при помощи одежды оставаться молодой и привлекательной
Токсиколог Кутушов назвал привычку ставить много будильников опасной для здоровья
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
37 российских туроператоров прекратили дальнейшую работу
Former Jamaica ace hopes new guide for mums in football leads to better support for female players with children
League One side Birmingham make £10m bid for Premier League striker that will shatter division’s transfer record
Obesity makes people more likely to catch COVID, study suggests: ‘Indisputable relationship’
Snell shines, Chapman plays hero as SF Giants rally for needed win
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
Депутаты хотят заставить кикшеринг платить за пользование улицами и тротуарами Екатеринбурга
10 tips to get started in Star Wars Outlaws
Мафия-НН: В уютном ресторанчике в центре города встретились девять одноклассников, чтобы отпраздновать Новый Год и провести веселый вечер
Выживач Tiles of Survive доступен в Google Play 27 стран
The PC game releases we're most excited about in September
Як вибрати накладний замок
Як встановити ручки на планці для дверей
Metaratings: «Динамо» интересуется Тикнизяном
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
Токсиколог Кутушов назвал привычку ставить много будильников опасной для здоровья
Синоптик предупреждает: "Неприличное тепло сменится похолоданием уже в ближайшее время"
Соцфонд проиндексирует пенсии работающим пенсионерам в феврале
Свидетели подтвердили вину главы «Пикета» Есипова в деле о бронежилетах
Валерий Головченко принял участие в открытии нового корпуса школы №2073 в Кленово
Симфоническая сказка «Петя и Волк» прозвучит на форуме «Москва 2030»
Путин пообщается со школьниками и проведёт совещание по Дальнему Востоку
Открытие Московского медиафестиваля посетили более 22 тысяч человек
Криптобиржа CROWDY объявила о проведении акции "Audi от CROWDY".
Российская теннисистка Потапова проиграла в матче третьего круга US Open
Раскрыты все болезни Елены Рыбакиной. Она пропустила уже восемь турниров в 2024 году
«Мыскина проявила себя с самой хорошей стороны. Звонарева – истинный боец». Тарпищев о финале Кубка Федерации-2004
Джокович впервые с 2017 года закончит год без победы в турнире "Большого шлема"
Новые костюмы приобрели во Дворце культуры «Тепловозостроитель» в Коломне
Владимир Ефимов: Город выделил почти 20 гектаров земли для строительства дорог в Молжаниновском районе
Губернатор Шапша: ПВО ночью сбила в четырех районах Калужской области БПЛА ВСУ
Среди пассажиров пропавшего на Камчатке вертолета были туристы из Бурятии
Музыкальные новости
Театр «Градский Холл» реорганизуют и переименуют
Крымские каникулы: «Голоса Градского» представили уникальную концертную программу
Татьяна Сальникова назначена директором Оркестра джазовой музыки имени Олега Лундстрема
Концерт русской певицы Полины Гагариной в Иркутске перенесли на весну 2025 года
Токсиколог Кутушов назвал привычку ставить много будильников опасной для здоровья
Metaratings: «Динамо» интересуется Тикнизяном
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
Токсиколог Кутушов назвал привычку ставить много будильников опасной для здоровья
ЦСКА — «Торпедо» — 3:1. Видеообзор матча Кубка мэра Москвы
Собянин: БПЛА сбили на подлете к Москве в городском округе Подольск
Metaratings: «Динамо» интересуется Тикнизяном
Мегадискотека Детского радио «Дети как звезды!» пройдет 1 сентября в Москве и Санкт-Петербурге
Источник 360.ru: в Бибирево водитель Hyundai сбил подростка на переходе
«Спартак» — «Автомобилист» — 4:3 Б. Видеообзор матча Кубка мэра Москвы
Определился соперник ЦСКА по финалу Кубка мэра Москвы
Песков рассказал о реакции Путина на то, что Байден назвал его «убийцей»
Путин назвал Узбекистан стратегическим союзником в День независимости республики
Путин: Россия будет наращивать взаимовыгодные связи с Киргизией
Мэр Ландеты предложил Путину запустить образовательный курс
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
Токсиколог Кутушов назвал неожиданную пользу лисичек в борьбе с паразитами
Терпеть нельзя: Доктор Кутушов рассказал, почему нужно помочиться сразу же
Токсиколог Кутушов назвал привычку ставить много будильников опасной для здоровья
"Спартак" в меньшинстве вырвал победу в матче против "Рубина"
Metaratings: «Динамо» интересуется Тикнизяном
ЦСКА — «Торпедо» — 3:1. Видеообзор матча Кубка мэра Москвы
Определился соперник ЦСКА по финалу Кубка мэра Москвы
Лукашенко заявил о целях расширить сотрудничество с Киргизией
Собянин: Еще один сбитый беспилотник при падении повредил техническое помещение МНПЗ
Собянин сообщил о ликвидации силами ПВО десяти БПЛА, летевших к Москве
Сергей Собянин сообщил о ликвидации четвертого летевшего к Москве беспилотника
Собянин: БПЛА сбили на подлете к Москве в городском округе Подольск
В Греции произошла экологическая катастрофа: известный порт заполнился мёртвой рыбой
Москва представила аналитическое исследование ...
В Москве обнаружили краснокнижных серых цапель, которых считали исчезнувшими
Реализацию Москвой целей устойчивого развития обсудили на международном муниципальном форуме БРИКС
Открытие Московского медиафестиваля посетили более 22 тысяч человек
Песков: если придётся, то будет сделано всё для защиты наших интересов
В Москве обнаружили краснокнижных серых цапель, которых считали исчезнувшими
Песков: Европе долго придется разгребать последствия конфронтации с Россией
Портативный ТСД корпоративного класса Saotron RT-T70
В Арктике разворачивается «гонка вооружений». США пытаются препятствовать сотрудничеству РФ и КНР
Снайперы из Пскова научились поражать цели на сверхдальних расстояниях
Близкая Арктика: что посмотреть в Архангельской области
В Симферополе устроят семейный фестиваль «До свидания, лето!»
Книжная выставка
«Без меня народ не полный…»
к 125-летию со дня рождения А.П.Платонова,
русского и советского писателя, поэта и публициста, драматурга.
В ДТП под Симферополем погибли два человека
Людей чудом не оказалось на остановке, в которую влетела BMW
Криптобиржа CROWDY объявила о проведении акции "Audi от CROWDY".
В направлении черного густого дыма: пожарные выехали на НПЗ в Капотне
Ефимов: Инвесторы арендовали у города более девяти гектаров земли в Зеленограде
Пожар на территории нефтеперерабатывающего завода в Москве локализован