A variational autoencoder trained with priors from canonical pathways increases the interpretability of transcriptome data
by Bin Liu, Bodo Rosenhahn, Thomas Illig, David S. DeLuca
Interpreting transcriptome data is an important yet challenging aspect of bioinformatic analysis. While gene set enrichment analysis is a standard tool for interpreting regulatory changes, we utilize deep learning techniques, specifically autoencoder architectures, to learn latent variables that drive transcriptome signals. We investigate whether simple, variational autoencoder (VAE), and beta-weighted VAE are capable of learning reduced representations of transcriptomes that retain critical biological information. We propose a novel VAE that utilizes priors from biological data to direct the network to learn a representation of the transcriptome that is based on understandable biological concepts. After benchmarking five different autoencoder architectures, we found that each succeeded in reducing the transcriptomes to 50 latent dimensions, which captured enough variation for accurate reconstruction. The simple, fully connected autoencoder, performs best across the benchmarks, but lacks the characteristic of having directly interpretable latent dimensions. The beta-weighted, prior-informed VAE implementation is able to solve the benchmarking tasks, and provide semantically accurate latent features equating to biological pathways. This study opens a new direction for differential pathway analysis in transcriptomics with increased transparency and interpretability.
Новости России
Москва
Опубликован рейтинг упоминаемости губернаторов в Telegram каналах за июнь 2024 года
Moscow.media
Частные объявления сегодня
"Матрица" от ShantiOlga активирует изобилие
Заведующий рефракционным отделением клиники микрохирургии глаза АйМед Кирилл Светлаков: как снизить нагрузку на глаза при работе с гаджетами
Покушение на Дональда Трампа в США. Могут проверить "Секретные службы".
Студия звукозаписи в Москве. Студия звукозаписи цена.
Восстановление запястья после неправильной репозиции костей за 1 прием
Итоги конкурса красоты «Miss World Russian Beauty 2024»
15-22 июля — неделя сохранения здоровья головного мозга
"Матрица" от ShantiOlga активирует изобилие
The Faculty of International Journalism and Mass Communications of the Eurasian International University conducts an additional set of applicants!
UFC Denver video: Abdul Razak Alhassan vs. Cody Brundage ends in no-contest after illegal blows
‘He walked just fine’: Pros react to Abdul Razak Alhassan vs. Cody Brundage ending in controversial no-contest
Warner will not be considered for 2025 Champions Trophy: Bailey
Смартфоны и гаджеты Xiaomi опять сбоят в России
БФТ-Холдинг выпустил новую версию программного продукта «БФТ.Платформа»
Из России с деньгами и любовью... к Западу. Высокопоставленные "слуги народа" массово бегут за границу
В Оренбургском филиале АО «Желдорреммаш» освоен ремонт нового оборудования для тепловозов «Витязь», работающих на БАМе
Ash of Gods: The Way перенесут на смартфоны — появилась страница в Play Market
Former Bungie lead counsel explains how the studio nailed one of Destiny 2's most infamous leakers
I didn't expect my favorite cozy MMO to do a crossover with a Finnish children's series
Для Titan Slayer: Idle RPG проходит предрегистрация в Google Play
Самый высокий объем рынка радиорекламы за последние 10 лет: итоги минувшего года, динамика и прогнозы в новом Рекламном ежегоднике
Рекой подать. Туристы рассказали, куда едут в круизы из Москвы
В Оренбургском филиале АО «Желдорреммаш» освоен ремонт нового оборудования для тепловозов «Витязь», работающих на БАМе
Народный календарь. Стоит ли работать на Авдотью Сеногнойку, 20 июля
РОССИЯ ПРОВЕРИТ ЦРУ И СЕКРЕТНУЮ СЛУЖБУ США?!
Ванга назвала дату "конца света": На Западе тиражируют страшилки про "братьев, которые падут, заклёванные железными птицами"
Студия звукозаписи в Москве. Студия звукозаписи цена.
Россияне чаще всего предпочитают пятизвездочные отели в Москве и Дубае
Подмосковная компания готового питания расширила производство и обновила оборудование
Россия построит в Таджикистане центр для одарённых детей.
Качество питания проверили в 40 летних лагерях при школах Подмосковья
Россияне чаще всего предпочитают пятизвездочные отели в Москве и Дубае
Олимпиаду в Париже не покажут по ТВ в России
Один финал Испания выиграла — пусть не у Англии, зато в Лондоне у Джоковича! Алькарас — двукратный чемпион Уимблдона
Алькарас обратился к Джоковичу после финала Уимблдона
Карлос Алькарас за день до финала Уимблдона играл в гольф
Россияне чаще всего предпочитают пятизвездочные отели в Москве и Дубае
Legalbet: "Локомотив" заинтересован в лучшем бомбардире чемпионата Азербайджана
ЧАША ГРААЛЯ: СОЗДАНИЕ И ПРОВЕРКА ВСЕХ ТЕХНОЛОГИЙ, СВЯЗИ, СИСТЕМ. Все виды продукции из пространства.
Ванга назвала дату "конца света": На Западе тиражируют страшилки про "братьев, которые падут, заклёванные железными птицами"
Музыкальные новости
Большой театр покажет балет «Пиковая дама» на сцене Мариинки
Собчак на новых фото сравнили с Мэрилином Мэнсоном
"Матрица" от ShantiOlga активирует изобилие
Не гаси меня, свечу! (Вероника Долина, картины Анна Ермолаева)
Опубликован рейтинг упоминаемости губернаторов в Telegram каналах за июнь 2024 года
В Оренбургском филиале АО «Желдорреммаш» освоен ремонт нового оборудования для тепловозов «Витязь», работающих на БАМе
Общество: Скоростное движение в обход Твери и Тольятти укрепит экономику и логистику России
Рекой подать. Туристы рассказали, куда едут в круизы из Москвы
Сазыкина ищет справедливости в суде: требует от ПЦ Матвиенко 570 000 руб. за нарушение авторских прав
Собянин рассказал, как провести летние каникулы в Москве
Складной Motorola Razr 50 рассекречен официальным источником
АО «Транснефть - Север» в I полугодии 2024 года выполнило диагностику более 1 тыс. км трубопроводов в 4 регионах
Доля ремонтов по ОСАГО упала почти в 2,5 раза
Общество: Скоростное движение в обход Твери и Тольятти укрепит экономику и логистику России
Названа стоимость проезда из Москвы в Петербург по М-11
Опрос выяснил, что ростовчане больше жителей других российских городов недовольны засильем электросамокатов на улицах
Путинские Игры дружбы в Екатеринбурге официально перенесены
Путин открыл последний участок трассы из Москвы в Санкт-Петербург
Названа стоимость проезда из Москвы в Петербург по М-11
Путин открыл последний участок трассы М-11 из Москвы в Санкт-Петербург
Число заболевших коронавирусом в России увеличилась на 3,1 процента
В России запущена новая платформа для ментального здоровья граждан
Врач дерматолог-косметолог Мадина Байрамукова: как уберечь себя от укусов комаров и ос
На Казанском вокзале столицы прокуратура выявила нарушения санитарных норм
Восстановление запястья после неправильной репозиции костей за 1 прием
Сам придумал наступление, сам отразил: пресс-конференция Зеленского превратилась в сеанс одновременного вранья, шантажа и гипноза
Киевский политолог: Запад предлагал «убрать Зеленского» и давал РФ координаты
Росгвардейцы обеспечили безопасность футбольного матча в Москве
Экипаж «Авторадио» стал вторым в зачете «Гранд-тур» ралли-марафона «Шелковый путь – 2024»
Трусова и Игнатов сыграют свадьбу 17 августа
Legalbet: "Локомотив" заинтересован в лучшем бомбардире чемпионата Азербайджана
Минск предлагает урегулировать отношения с Варшавой и Вильнюсом, но не видит ответных шагов
Будем дипломатичными, пока сапог не ступит на нашу землю — Лукашенко
Лукашенко: Минск нацелен решать проблемы с соседями дипломатией, а не войной
Чувашия и Беларусь — крепкий союз
Собянин: Москва создает одну из крупнейших в мире цифровых диагностических сетей
Собянин: Три дороги будут построены в Москве по концессионным соглашениям
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин рассказал, как провести летние каникулы в Москве
В Москве и Подмосковье на треть увеличен темп строительства фиксированной сети
В Москве построят еще 200 зарядных станций для электромобилей
Новая эра фарминга с приложением Tonique от создателей "Смешариков"
Синоптик Леус: погода в Москве вернется к климатической норме 18 июля
Качество питания проверили в 40 летних лагерях при школах Подмосковья
Народный календарь. Стоит ли работать на Авдотью Сеногнойку, 20 июля
После операции Игорь идет в детсад. Читатели помогли купить нужную пластину
Legalbet: "Локомотив" заинтересован в лучшем бомбардире чемпионата Азербайджана
Гребцы Архангельской области выступают на Всероссийских соревнованиях
Многолетнюю мерзлоту будут изучать в Амурской области
АО «Транснефть - Север» в I полугодии 2024 года выполнило диагностику более 1 тыс. км трубопроводов в 4 регионах
АО «Транснефть – Север» за 6 месяцев 2024 г. выполнило 26 тыс. экологических исследований
Круиз-викторина "Твоей истории негромкой мне дорог каждый уголок"
Случайно убивший журналистку Бабаеву инструктор получил год исправительных работ
В рейтинге городов России по объемам ввода жилья Севастополь на 29 месте, Симферополь — 73
Дорогу, в провале которой в 2014 году погибли 6 человек, снова закрыли
Качество питания проверили в 40 летних лагерях при школах Подмосковья
Молодость и предубеждение. Где пролегает граница возрастов?
Ванга назвала дату "конца света": На Западе тиражируют страшилки про "братьев, которые падут, заклёванные железными птицами"
ЧАША ГРААЛЯ: СОЗДАНИЕ И ПРОВЕРКА ВСЕХ ТЕХНОЛОГИЙ, СВЯЗИ, СИСТЕМ. Все виды продукции из пространства.