Добавить новость
ru24.net
News in English
Июль
2024

scBoolSeq: Linking scRNA-seq statistics and Boolean dynamics

0

by Gustavo Magaña-López, Laurence Calzone, Andrei Zinovyev, Loïc Paulevé

Boolean networks are largely employed to model the qualitative dynamics of cell fate processes by describing the change of binary activation states of genes and transcription factors with time. Being able to bridge such qualitative states with quantitative measurements of gene expressions in cells, as scRNA-seq, is a cornerstone for data-driven model construction and validation. On one hand, scRNA-seq binarisation is a key step for inferring and validating Boolean models. On the other hand, the generation of synthetic scRNA-seq data from baseline Boolean models provides an important asset to benchmark inference methods. However, linking characteristics of scRNA-seq datasets, including dropout events, with Boolean states is a challenging task. We present scBoolSeq, a method for the bidirectional linking of scRNA-seq data and Boolean activation state of genes. Given a reference scRNA-seq dataset, scBoolSeq computes statistical criteria to classify the empirical gene pseudocount distributions as either unimodal, bimodal, or zero-inflated, and fit a probabilistic model of dropouts, with gene-dependent parameters. From these learnt distributions, scBoolSeq can perform both binarisation of scRNA-seq datasets, and generate synthetic scRNA-seq datasets from Boolean traces, as issued from Boolean networks, using biased sampling and dropout simulation. We present a case study demonstrating the application of scBoolSeq’s binarisation scheme in data-driven model inference. Furthermore, we compare synthetic scRNA-seq data generated by scBoolSeq with BoolODE’s, data for the same Boolean Network model. The comparison shows that our method better reproduces the statistics of real scRNA-seq datasets, such as the mean-variance and mean-dropout relationships while exhibiting clearly defined trajectories in two-dimensional projections of the data.



Moscow.media
Частные объявления сегодня





Rss.plus



Сотрудники вневедомственной охраны Росгвардии Московской области провели патриотические уроки для школьников региона

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи


Неделя родительской компетентности! Бесплатные онлайн-мероприятия, организованные в рамках Года семьи, будут посвящены психологическому здоровью детей и их родителей.

Фонд Юрия Лужкова награждает победителей экономического диктанта-2024

«Тамара Карсавина. Жар-птица на века»: гала-вечер с Relax FM в Кремле

Психоаналитик Марианна Абравитова: как взрослому человеку проработать детскую травму, не обращаясь к психологу


Gary Neville starts new job with Man Utd just days after club legend Sir Alex Ferguson was axed by Jim Ratcliffe

Ring Ratings Update: King Artur rules light heavyweight, climbs P4P rankings (with Dmitry Bivol)

Liam Payne’s devastated dad ‘trying to bring his son’s body home’ to lay him to rest after tragic balcony fall death

Survey: Afghan refugees in Germany choose to stay despite experiencing discrimination


В Италии прошел первый этап проекта «Культурная миссия в Италии»

ТСД SAOTRON RT41 GUN: практичный, производительный, надёжный

Учитесь как ездить на электричках бесплатно

В Италии прошел первый этап проекта «Культурная миссия в Италии»


How to unlock (and use) every archetype in Metaphor: ReFantazio

Diablo 4 player lands a 235 trillion damage hit with its new class and the pile of overpowered bugs keeping it at the top of the meta

You can try a taster of the Dead Cells dev's next roguelike Windblown ahead of its early access debut later this month, courtesy of Steam Next Fest

How to defeat Sogne the Icebound in Metaphor: ReFantazio



«Самый крутой проект»: KAYA заспойлерила старт нового шоу на ТНТ

Продвижение Песен и Музыки в Яндекс Музыка. Увеличение прослушиваний трека, плейлиста, лайки на трек. Кураторские Плейлисты.

В Москве поймали 18-летнего барнаульца, который похитил у пенсионерки 8 млн рублей

Спортсмены Центрального округа Росгвардии заняли призовые места на всероссийских соревнованиях общества «Динамо» по самбо и боевому самбо




В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи

Названы самые популярные в России автомобили с пробегом

Кадыров заявил, что встретил в Москве президента ОАЭ в составе делегации РФ

РАСКРЫТЫ НАСТОЯЩИЕ ПРИЧИНЫ ВТОРОЙ МИРОВОЙ. Россия, США, Европа могут улучшить отношения?!


Прилучный зол на Муцениеце: «Некоторые ставят свои интересы выше интересов детей, подрывая их психику»

«Он заботится о семье»: отец Джулиана Ассанжа рассказал о его жизни после освобождения

РАСКРЫТЫ НАСТОЯЩИЕ ПРИЧИНЫ ВТОРОЙ МИРОВОЙ. Россия, США, Европа могут улучшить отношения?!

Главные новости Нижнего Новгорода за 20 октября: Новогодние поезда и экономия на дорогах.


Мирра Андреева в финале WTA 500 в Нинбо: борьба за 920 тыс. долларов

Касаткина назвала Андрееву занозой в заднице и пожелала ей удачи

Теннисистка Касаткина победила Андрееву в финале WTA

Спортивный врач рассказал, из‑за чего теннисисту Рублеву могли ампутировать яички


РАСКРЫТЫ НАСТОЯЩИЕ ПРИЧИНЫ ВТОРОЙ МИРОВОЙ. Россия, США, Европа могут улучшить отношения?!

Главные новости Нижнего Новгорода за 20 октября: Новогодние поезда и экономия на дорогах.

Кадыров заявил, что встретил в Москве президента ОАЭ в составе делегации РФ

Дорожное покрытие обновили на Спортивной улице в Серпухове


Музыкальные новости

Песни на продажу. Продажа песен. Продажа песни. Продать песни. Хочу продать песню. Где продать песню. Продать собственную песню. Продам песню дорого.

Сбежавшая из дома дочь Успенской: «Я испугалась за свою жизнь. Меня преследует неадекватная тираническая мать»

Московский джазовый оркестр Игоря Бутмана выступил с юбилейным концертом в Ижевске

Рэпер Баста назвал непростым матч против Lit Energy, где Литвин напал на фаната



Продвижение Песен и Музыки в Яндекс Музыка. Увеличение прослушиваний трека, плейлиста, лайки на трек. Кураторские Плейлисты.

Там, где Булгаков пилюли покупал: топ старинных аптек столицы, работающих в наши дни

«Самый крутой проект»: KAYA заспойлерила старт нового шоу на ТНТ

Спортсмены Центрального округа Росгвардии заняли призовые места на всероссийских соревнованиях общества «Динамо» по самбо и боевому самбо


Команда Центрального округа Росгвардии стала победителем столичного чемпионата по мини-футболу спортивного общества «Динамо»

«Мы не лезем». Путин рассказал о конфликте США с Китаем

В Италии прошел первый этап проекта «Культурная миссия в Италии»

Там, где Булгаков пилюли покупал: топ старинных аптек столицы, работающих в наши дни


Горевший Mercury Grand Marquis в Москве сняли на видео

Росгвардейцы оказали помощь потерявшей сознание на одной из улиц Москвы пожилой женщине (видео)

В октябре москвичи более 150 тыс раз проехали по новому трамвайному маршруту №2

Turbo Diesel – увеличение производительности сельхозтехники и грузовиков с помощью чип-тюнинга


Вучич поблагодарил Путина за готовность РФ обеспечить Сербию газом зимой

Путин назвал Москву одним из самых прекрасных городов мира

Путин проведет совещание с членами Совета безопасности на следующей неделе

Путин проведет переговоры с президентом ОАЭ


Марбург шагает по планете: может ли смертельный вирус распространиться в России



Лавров: никто никогда не узнает, какой диагноз немцы поставили Навальному


Там, где Булгаков пилюли покупал: топ старинных аптек столицы, работающих в наши дни

Смерть почти в 50 процентах случаев: как распознать пневмонию и кто в группе риска

В поисках бессмертия: AI и генетика меняют жизнь

В Москве вдвое выросло число исследований для раннего выявления рака груди


Премьер Словакии раскритиковал «план» Зеленского

Во Франции призвали к решительному шагу в отношении Киева и НАТО


Заключительный отборочный этап на Кубок России по гонкам дронов прошел в Москве

Спортсмены Центрального округа Росгвардии заняли призовые места на всероссийских соревнованиях общества «Динамо» по самбо и боевому самбо

ЦСКА вновь проигрывает: "Сочи" вырывает победу в серии буллитов

Якутянка стала чемпионкой России по дзюдо




Собянин сообщил о перехвате летевшего на Москву беспилотника

Собянин поздравил работников дорожного хозяйства с профессиональным праздником

Собянин: Около 320 предприятий пищевой промышленности работает в Москве

Летевший к Москве БПЛА уничтожен в Раменском городском округе — Собянин


В Литве объявили тендер на снос недостроенного "Дома Москвы" в Вильнюсе

В Вильнюсе недостроенный Дом Москвы планируют снести за 1,8 млн евро

Импульс многополярности: во времена ИТ-революции сырьевой потенциал продолжает привлекать партнеров

Тишковец: Климатическая зима в Москве наступит в начале декабря


Не западная повестка. В Сириусе проходит экологический конгресс БРИКС

С опозданием. Сугробы появятся в Москве не раньше декабря

Прилучный зол на Муцениеце: «Некоторые ставят свои интересы выше интересов детей, подрывая их психику»

«Он заботится о семье»: отец Джулиана Ассанжа рассказал о его жизни после освобождения


Граждане трезвенники...

Северные ночи...

Делегация Архангельской области принимает участие в XII Международном форуме «Россия – спортивная держава»

Теннисистка из Архангельска стала лидером турнира в Санкт-Петербурге


"Мамаша развела в купе сущий дурдом": Мужчина рассказал о путешествии на поезде, которое запомнится на всю жизнь

Какой сегодня праздник: 20 октября

Встреча с поэтом «Садится солнце желтой хризантемой…», в рамках фестиваля «Золотая осень-2024»

Выставка-юбилей «Рыцарь фантастики», к 90-летию со дня рождения Кира Булычёва, русского советского писателя-фантаста, ученого-востоковеда, сценариста.


«Динамо» с разгромным счетом обыграло «Рубин» в Нижнем Новгороде

Президент ОАЭ Аль Нахайян прибыл на неформальную встречу с Путиным в кроссовках

Baza: ветеринары Подмосковья спасают львенка из грозненской кальянной

РАСКРЫТЫ НАСТОЯЩИЕ ПРИЧИНЫ ВТОРОЙ МИРОВОЙ. Россия, США, Европа могут улучшить отношения?!












Спорт в России и мире

Новости спорта


Новости тенниса
ATP

Хачанов стал чемпионом турнира ATP в Алма-Ате






Дорожное покрытие обновили на Спортивной улице в Серпухове

«Он заботится о семье»: отец Джулиана Ассанжа рассказал о его жизни после освобождения

РАСКРЫТЫ НАСТОЯЩИЕ ПРИЧИНЫ ВТОРОЙ МИРОВОЙ. Россия, США, Европа могут улучшить отношения?!

Кадыров заявил, что встретил в Москве президента ОАЭ в составе делегации РФ