Добавить новость
ru24.net
News in English
Июль
2024

scBoolSeq: Linking scRNA-seq statistics and Boolean dynamics

0

by Gustavo Magaña-López, Laurence Calzone, Andrei Zinovyev, Loïc Paulevé

Boolean networks are largely employed to model the qualitative dynamics of cell fate processes by describing the change of binary activation states of genes and transcription factors with time. Being able to bridge such qualitative states with quantitative measurements of gene expressions in cells, as scRNA-seq, is a cornerstone for data-driven model construction and validation. On one hand, scRNA-seq binarisation is a key step for inferring and validating Boolean models. On the other hand, the generation of synthetic scRNA-seq data from baseline Boolean models provides an important asset to benchmark inference methods. However, linking characteristics of scRNA-seq datasets, including dropout events, with Boolean states is a challenging task. We present scBoolSeq, a method for the bidirectional linking of scRNA-seq data and Boolean activation state of genes. Given a reference scRNA-seq dataset, scBoolSeq computes statistical criteria to classify the empirical gene pseudocount distributions as either unimodal, bimodal, or zero-inflated, and fit a probabilistic model of dropouts, with gene-dependent parameters. From these learnt distributions, scBoolSeq can perform both binarisation of scRNA-seq datasets, and generate synthetic scRNA-seq datasets from Boolean traces, as issued from Boolean networks, using biased sampling and dropout simulation. We present a case study demonstrating the application of scBoolSeq’s binarisation scheme in data-driven model inference. Furthermore, we compare synthetic scRNA-seq data generated by scBoolSeq with BoolODE’s, data for the same Boolean Network model. The comparison shows that our method better reproduces the statistics of real scRNA-seq datasets, such as the mean-variance and mean-dropout relationships while exhibiting clearly defined trajectories in two-dimensional projections of the data.



Moscow.media
Частные объявления сегодня





Rss.plus



Сотрудники вневедомственной охраны Росгвардии Московской области провели патриотические уроки для школьников региона

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи


Топ-15 достопримечательностей Железноводска

Коллекция N 6 by Alsu M. на Московской неделе моды

Концерт «Разговор с папой» в честь Дня отца прошёл в Москве

Лечение мужского бесплодия: новые возможности и подходы


Ring Ratings Update: King Artur rules light heavyweight, climbs P4P rankings (with Dmitry Bivol)

Survey: Afghan refugees in Germany choose to stay despite experiencing discrimination

Liam Payne’s devastated dad ‘trying to bring his son’s body home’ to lay him to rest after tragic balcony fall death

Gary Neville starts new job with Man Utd just days after club legend Sir Alex Ferguson was axed by Jim Ratcliffe


Компании Pango Cars и Caready открыли первый в России совместный центр. Чем он интересен?

Восход со странными облаками

Северные ночи...

Терминал сбора данных (ТСД) промышленного класса SAOTRON RT42G


How to defeat Sogne the Icebound in Metaphor: ReFantazio

You can try a taster of the Dead Cells dev's next roguelike Windblown ahead of its early access debut later this month, courtesy of Steam Next Fest

How to unlock (and use) every archetype in Metaphor: ReFantazio

How to defeat the Homo Margo boss fight on Virga Island in Metaphor: ReFantazio



«Самый крутой проект»: KAYA заспойлерила старт нового шоу на ТНТ

Там, где Булгаков пилюли покупал: топ старинных аптек столицы, работающих в наши дни

В Москве вдвое выросло число исследований для раннего выявления рака груди

Продвижение Песен и Музыки в Яндекс Музыка. Увеличение прослушиваний трека, плейлиста, лайки на трек. Кураторские Плейлисты.




Экс-глава банка "Открытие" обвиняется в выдаче кредита своей фирме

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи

В Подмосковных Люберцах росгвардейцы задержали подозреваемых в совершении кражи


«Если повезет»: Джон Шиптон рассказал о своих культурных планах в России

ЦИК: после подсчета 20,55% голосов молдаване выступают против евроинтеграции

«С ребенком в больнице должен быть отец». Истории трех пап, у которых дети лечатся от рака

В вашем сезоне страсти кипят: подробный гороскоп для Скорпионов с 24 октября по 22 ноября


Хачанов вышел в четвертьфинал турнира ATP в Алма-Ате

«Размером с грейпфрут»: теннисистке Серене Уильямс удалили гигантскую опухоль

Андреева прошла в финал турнира WTA в Нинбо на отказе Муховой

Хачанов стал чемпионом турнира ATP в Алма-Ате


Минстрой: число проблемных объектов жилищного строительства сократилось на 150

Осуждённый на 15 лет экс-мэр Владивостока Пушкарёв отправится на СВО

Финал детского футбольного фестиваля «Чемпионат победителей» прошел в Домодедове

Тревожный прогноз НАТО: Российская армия выйдет из конфликта окрепшей


Музыкальные новости

Певец Данко выступит в Крыму в поддержку участников СВО

Mash: экс-участник Little Big попал в больницу с подозрением на инфаркт

Shot: у экс-музыканта группы Little Big Лиссова заподозрили инфаркт

Волочкова о запрете провозить алкоголь на Мальдивы: «У меня таких проблем нет»



ЦСКА вновь проигрывает: "Сочи" вырывает победу в серии буллитов

Там, где Булгаков пилюли покупал: топ старинных аптек столицы, работающих в наши дни

«Самый крутой проект»: KAYA заспойлерила старт нового шоу на ТНТ

Продвижение Песен и Музыки в Яндекс Музыка. Увеличение прослушиваний трека, плейлиста, лайки на трек. Кураторские Плейлисты.


В Москве поймали 18-летнего барнаульца, который похитил у пенсионерки 8 млн рублей

«Тамара Карсавина. Жар-птица на века»: гала-вечер с Relax FM в Кремле

Выставка-юбилей «Рыцарь фантастики», к 90-летию со дня рождения Кира Булычёва, русского советского писателя-фантаста, ученого-востоковеда, сценариста.

Дистрибьюция Музыки. Дистрибьюция Музыки в России. Дистрибьюция музыки в ВК Яндекс музыка дистрибьюция. Цифровая дистрибьюция музыка. Дистрибьюция музыки под ключ.


Человек пострадал при столкновении Porsche и такси на юге Москвы

В октябре москвичи более 150 тыс раз проехали по новому трамвайному маршруту №2

Mash: сбитый на Зеленом проспекте в Москве мужчина в тяжелом состоянии

Горевший Mercury Grand Marquis в Москве сняли на видео


Путин проведет совещание с членами Совета безопасности на следующей неделе

Путин назвал Москву одним из самых прекрасных городов мира

Вучич поблагодарил Путина за готовность РФ обеспечить Сербию газом зимой

«США провалились». Путин раскрыл, как прекратить войну Израиля с Палестиной


Марбург шагает по планете: может ли смертельный вирус распространиться в России



Лавров: никто никогда не узнает, какой диагноз немцы поставили Навальному


Там, где Булгаков пилюли покупал: топ старинных аптек столицы, работающих в наши дни

В Москве вдвое выросло число исследований для раннего выявления рака груди

МедАльянсГрупп — надежный дистрибьютор медицинского оборудования

В поисках бессмертия: AI и генетика меняют жизнь


Премьер Словакии раскритиковал «план» Зеленского


ЦСКА вновь проигрывает: "Сочи" вырывает победу в серии буллитов

Спортсмены Центрального округа Росгвардии заняли призовые места на всероссийских соревнованиях общества «Динамо» по самбо и боевому самбо

"Динамо" со счетом 4:0 разгромило "Рубин" в матче РПЛ

Команда Центрального округа Росгвардии стала победителем столичного чемпионата по мини-футболу спортивного общества «Динамо»




Собянин: Около 320 предприятий пищевой промышленности работает в Москве

Летевший к Москве БПЛА уничтожен в Раменском городском округе — Собянин

Собянин поблагодарил сотрудников дорожного хозяйства за профессионализм

Собянин поздравил работников дорожного хозяйства с профессиональным праздником


Тишковец: Климатическая зима в Москве наступит в начале декабря

В Литве объявили тендер на снос недостроенного "Дома Москвы" в Вильнюсе

В Вильнюсе недостроенный Дом Москвы планируют снести за 1,8 млн евро

Импульс многополярности: во времена ИТ-революции сырьевой потенциал продолжает привлекать партнеров


Минстрой: число проблемных объектов жилищного строительства сократилось на 150

Осуждённый на 15 лет экс-мэр Владивостока Пушкарёв отправится на СВО

Чтобы всех отыскать, воедино собрать // Дорожные камеры Подмосковья готовятся объединить

Тревожный прогноз НАТО: Российская армия выйдет из конфликта окрепшей


Граждане трезвенники...

Архангельская теннисистка Алина Хезина победила на турнире в Санкт-Петербурге

Делегация Архангельской области принимает участие в XII Международном форуме «Россия – спортивная держава»

Северные ночи...


Дополнительный поезд в Крым запустят через Воронеж на новогодние праздники

Какой сегодня праздник: 20 октября

Выставка-юбилей «Рыцарь фантастики», к 90-летию со дня рождения Кира Булычёва, русского советского писателя-фантаста, ученого-востоковеда, сценариста.

"Мамаша развела в купе сущий дурдом": Мужчина рассказал о путешествии на поезде, которое запомнится на всю жизнь


Дело Брюна: почему после приговора в госзакупках ничего не изменилось

Прилучный зол на Муцениеце: «Некоторые ставят свои интересы выше интересов детей, подрывая их психику»

Креативная реклама телекоммуникационной компании Golden Telecom, 21 января 2000 года, Москва

Осуждённый на 15 лет экс-мэр Владивостока Пушкарёв отправится на СВО












Спорт в России и мире

Новости спорта


Новости тенниса
Янник Синнер

Синнер победил Алькараса и взял «Шлем шести королей»






Креативная реклама телекоммуникационной компании Golden Telecom, 21 января 2000 года, Москва

«На практике достается не всем». Как многодетной российской семье получить землю бесплатно?

Путин: товарооборот между Россией и ОАЭ за последние три года вырос в три раза

Тревожный прогноз НАТО: Российская армия выйдет из конфликта окрепшей