Добавить новость
ru24.net
News in English
Июль
2024

A comprehensive exploration of the druggable conformational space of protein kinases using AI-predicted structures

0

by Noah B. Herrington, Yan Chak Li, David Stein, Gaurav Pandey, Avner Schlessinger

Protein kinase function and interactions with drugs are controlled in part by the movement of the DFG and ɑC-Helix motifs that are related to the catalytic activity of the kinase. Small molecule ligands elicit therapeutic effects with distinct selectivity profiles and residence times that often depend on the active or inactive kinase conformation(s) they bind. Modern AI-based structural modeling methods have the potential to expand upon the limited availability of experimentally determined kinase structures in inactive states. Here, we first explored the conformational space of kinases in the PDB and models generated by AlphaFold2 (AF2) and ESMFold, two prominent AI-based protein structure prediction methods. Our investigation of AF2’s ability to explore the conformational diversity of the kinome at various multiple sequence alignment (MSA) depths showed a bias within the predicted structures of kinases in DFG-in conformations, particularly those controlled by the DFG motif, based on their overabundance in the PDB. We demonstrate that predicting kinase structures using AF2 at lower MSA depths explored these alternative conformations more extensively, including identifying previously unobserved conformations for 398 kinases. Ligand enrichment analyses for 23 kinases showed that, on average, docked models distinguished between active molecules and decoys better than random (average AUC (avgAUC) of 64.58), but select models perform well (e.g., avgAUCs for PTK2 and JAK2 were 79.28 and 80.16, respectively). Further analysis explained the ligand enrichment discrepancy between low- and high-performing kinase models as binding site occlusions that would preclude docking. The overall results of our analyses suggested that, although AF2 explored previously uncharted regions of the kinase conformational space and select models exhibited enrichment scores suitable for rational drug discovery, rigorous refinement of AF2 models is likely still necessary for drug discovery campaigns.



Moscow.media
Частные объявления сегодня





Rss.plus




В лесах Подмосковья и Владимирской области развелись золотистые шакалы: из каких дальних стран они пришли?

Пегас запускает ежедневные рейсы в Анталию из нового аэропорта в Москве и начинает раздавать бесплатную парковку

Российский стартап вошел в тройку мировых лидеров по цифровизации патоморфологии

Удаление зуба мудрости: показания, процесс и восстановление


‘How far?’ – Robbie Williams brutally trolls Arsenal fans with Spurs joke during his own gig at the Emirates

Warner Bros. Discovery is splitting into two companies

Tesla could lose billions in revenue as Trump administration weighs eliminating a key regulatory credit loophole

U.K.’s FTSE 100 surpasses March record as tariff concerns ease


В BelkaCar рассказали, как выгодно путешествовать на праздничных выходных

В Севастополе состоялся региональный этап культурно-благотворительного фестиваля «Добрая волна»

В Hybe назвали тренды до 2030 года на рынке CTV-рекламы

Калуга стала центром культурных событий: итоги третьего этапа проекта «Классика для всей семьи»


Friday Night Multiplayer 2.1

I spoke with Arm about PC gaming and was told that Windows software compatibility is 'largely a solved problem'

Leaving Fallen London: How Failbetter Games spent several years growing hope and ‘discovering the art of the possible’ in their new eldritch farming sim

Grand Criminal Online выпустили на iOS — игроки недовольны



Детское радио рекомендует семейное фэнтези «Магия четырех стихий»

ЕАЭС берётся за строительный мусор: лицензии, квоты, запреты

Названы самые любимые города для выезда у футбольных болельщиков

Relax FM – партнер бизнес-регаты «Ведомости» в сезоне-2025




Обнародован список стран, которые примут участие в «Интервидении-2025»

RICH & HAPPY WOMEN’S CLUB появился в столице

В Севастополе состоялся региональный этап культурно-благотворительного фестиваля «Добрая волна»

В Севастополе состоялся региональный этап культурно-благотворительного фестиваля «Добрая волна»


Безопасность операционных систем в контексте искусственного интеллекта обсудят на конференции OS DAY 2025

Татьяна Панфилова наградила студентов за проекты благоустройства и развития Рязани

Американский журналист Санчес: США на грани гражданской войны

Обречены на мир. Трамп лично встретился с послом РФ в США Дарчиевым


Рыбакина и Путинцева официально узнали позиции в мировом рейтинге WTA после «Ролан Гаррос»

111-я ракетка мира Захарова выбила Векич в первом круге турнира WTA в Лондоне

Потапова проиграла Ли в первом круге турнира в Хертогенбосхе

Шнайдер обыграла Френх и пробилась во второй круг турнира в Лондоне


«Никак не задевает»: Сарик Андреасян ответил на критику своих фильмов

Новая платформа глобального роста: роль России и ...

Американский журналист Санчес: США на грани гражданской войны

Что случилось ночью, 12 июня 2025 года


Музыкальные новости

Купить Песню. Песни на продажу. Продажа песен.

Ода балету: как мы будем вспоминать Майю Плисецкую в юбилейный год

Снуп Догг найден

Консультант Музыканта. Консультирование Музыканта.



Названы самые любимые города для выезда у футбольных болельщиков

Детское радио рекомендует семейное фэнтези «Магия четырех стихий»

В Волгограде задержан предполагаемый серийный мошенник, обманувший нижегородцев

ЕАЭС берётся за строительный мусор: лицензии, квоты, запреты


Михаил Горевой исполнит моноспектакль «Михаил Булгаков» на презентации проекта «Звезды говорят»

«Плохая примета»: Журова выступила против имени Загитовой в названии дворца спорта

Россия предложила забирать ядерное топливо у Ирана

Калуга стала центром культурных событий: итоги третьего этапа проекта «Классика для всей семьи»


Люди погибли в дорожно-транспортном происшествии с участием мини-трактора в Иркутской области

Иномарка с дипломатическими номерами врезалась в пушку в сквере Москвы

Москва усиливает безопасность: рейд для самокатчиков и велосипедистов 12-15 июня

В центре Москвы автомобиль с дипномерами Сьерра-Леоне врезался в пушку


Путин обозначил программу вооружений как главный ориентир для развития всего ВПК

Путин призвал разработать комплекс мер для модернизации авиационной техники

Путин поручил учитывать выпуск гражданской продукции на оборонных заводах

Матвиенко считает, что избрание Путина президентом России укрепило её единство




Заочный суд вынес приговор Волкову*** к 18 годам заключения

Суд в России заочно приговорил Леонида Волкова к 18 годам лишения свободы

Выехавший за границу Леонид Волков приговорен к 18 годам, в РФ в заложниках остался его отец


Тихонов прокомментировал ситуацию с «играми на стероидах»: «Пусть травятся на здоровье»

Врач-гигиенист Инна Гришина клиники «Мегастом»: как почистить зубы при отсутствии пасты и щетки

В Московском зоопарке объяснили похудение манула Тимофея

Эксперты сообщили о новом повышении уровня аллергии среди россиян


Как киевляне отреагировали на удары России: Мы допросимся «Орешника», пора просить пощады и прощения

В Киеве раскрыли жуткую тактику Зеленского

Зеленский стал жертвой закона непредвиденных последствий: авантюризм Киева сблизил позиции РФ и США

В Киеве предположили, к чему готовится Зеленский в Сумской области


Названы самые любимые города для выезда у футбольных болельщиков

Relax FM – партнер бизнес-регаты «Ведомости» в сезоне-2025

День России: праздник национального единства

Волков ушел из минского «Динамо»


Лукашенко одним росчерком пера «нашёл» пропавшую картошку в Белоруссии



Мэр Москвы: социальную помощь на дому получают 90 тысяч горожан

Сергей Собянин поздравил жителей Москвы с Днем России

Сергей Собянин: 12 электробусов нового поколения вышли на улицы Москвы

Собянин: В Романовом переулке археологи нашли печать времен Ивана III


Выставка «Креативные решения экологических проблем» в московском экоцентре Сборка

Рейсы в Китай и из него задерживаются из-за тайфуна "Бабочка"

В Огайо из-за взрывоопасной утечки на заводе эвакуировали жителей округа

В Fix Price появилась новая коллекция для кухня «Палитра природы»


Безопасность операционных систем в контексте искусственного интеллекта обсудят на конференции OS DAY 2025

Что случилось ночью, 12 июня 2025 года

«Время идти дальше. Будьте там, где вы нужнее»: Денис Боков покидает ВЭБ.РФ

Татьяна Манежина: Глава Республики Крым Сергей Аксёнов поздравил жителей полуострова с Днём России


Марат Баширов: На этой неделе стартуют выборы губернаторов регионов России

Тарифы ЖКХ проиндексируют в России с 1 июля

Дожди накроют регионы в День России

Пять регионов согласовали финмодели проектов в сфере ТКО в рамках концессий без конкурса


Кино-ностальгия "Благородство в каждой роли – Глеб Стриженов"

Телебашня Симферополя поздравит с Днем России

Жилой квартал с миндальной аллеей в г. Симферополь сдадут в 2025 году

Святитель Лука Крымский: "Совершенствование духа – вечное бессмертие"


Обречены на мир. Трамп лично встретился с послом РФ в США Дарчиевым

«Время идти дальше. Будьте там, где вы нужнее»: Денис Боков покидает ВЭБ.РФ

Американский журналист Санчес: США на грани гражданской войны

«Никак не задевает»: Сарик Андреасян ответил на критику своих фильмов












Спорт в России и мире

Новости спорта


Новости тенниса
Уимблдон

Ник Кирьос не будет комментатором на Уимблдоне — 2025






Сергей Собянин поздравил москвичей с Днем России

Владимир Путин подарил мальчику из Сальска поездку в Москву

Что случилось ночью, 12 июня 2025 года

Сердце фаната. Врач Воробьев объяснил, грозит ли болельщикам инфаркт