Добавить новость
ru24.net
News in English
Июль
2024

A comprehensive exploration of the druggable conformational space of protein kinases using AI-predicted structures

0

by Noah B. Herrington, Yan Chak Li, David Stein, Gaurav Pandey, Avner Schlessinger

Protein kinase function and interactions with drugs are controlled in part by the movement of the DFG and ɑC-Helix motifs that are related to the catalytic activity of the kinase. Small molecule ligands elicit therapeutic effects with distinct selectivity profiles and residence times that often depend on the active or inactive kinase conformation(s) they bind. Modern AI-based structural modeling methods have the potential to expand upon the limited availability of experimentally determined kinase structures in inactive states. Here, we first explored the conformational space of kinases in the PDB and models generated by AlphaFold2 (AF2) and ESMFold, two prominent AI-based protein structure prediction methods. Our investigation of AF2’s ability to explore the conformational diversity of the kinome at various multiple sequence alignment (MSA) depths showed a bias within the predicted structures of kinases in DFG-in conformations, particularly those controlled by the DFG motif, based on their overabundance in the PDB. We demonstrate that predicting kinase structures using AF2 at lower MSA depths explored these alternative conformations more extensively, including identifying previously unobserved conformations for 398 kinases. Ligand enrichment analyses for 23 kinases showed that, on average, docked models distinguished between active molecules and decoys better than random (average AUC (avgAUC) of 64.58), but select models perform well (e.g., avgAUCs for PTK2 and JAK2 were 79.28 and 80.16, respectively). Further analysis explained the ligand enrichment discrepancy between low- and high-performing kinase models as binding site occlusions that would preclude docking. The overall results of our analyses suggested that, although AF2 explored previously uncharted regions of the kinase conformational space and select models exhibited enrichment scores suitable for rational drug discovery, rigorous refinement of AF2 models is likely still necessary for drug discovery campaigns.



Moscow.media
Частные объявления сегодня





Rss.plus




Певец Жуков признался, что ему не разрешали смотреть сцены с поцелуями

Российским туристам открыли бронирования на особые туры на лето 2026 года с большими скидками

Купить Песню. Песни на продажу. Продажа песен.

Протеиновый тренд: гастроэнтеролог Садыков объяснил, стоит ли всем есть продукты с повышенным содержанием белка


Brit tennis sensation Hannah Klugman becomes first Brit female since Sue Barker 49 years ago to reach French Open final

‘I don’t believe that this move was for The Takeover’: Teofimo talks turning down Haney fight

‘This club is addicted…’ – Tottenham fans all say the same thing after controversial Ange Postecoglou sacking

How China’s embrace of rare earth export controls is hitting the global car industry


Новая линейка наушников UGREEN уже в России

Западный скоростной диаметр Петербурга ждет несколько перекрытий

ГРАДИЕНТЫ

Фотосессия в лесах Петербурга


Leaving Fallen London: How Failbetter Games spent several years growing hope and ‘discovering the art of the possible’ in their new eldritch farming sim

The CTF shooter is making a comeback thanks to the manager and lead singer of Imagine Dragons, who 'grew up playing capture the flag in the woods at night with flashlights'

Mads Mikkelsen is reprising his Casino Royale role to become Hitman's next elusive target

The Jurassic World Evolution 3 trailer disappointingly doesn't show anyone being bitten in half by a T-Rex, but it does have Jeff Goldblum's dulcet tones and a release date



Традиция продолжается: гала-концерт «Браво, артист!» — праздник, любимый поколениями

IV Международный Московский джазовый фестиваль стартовал в концертном зале Чайковского

Будут ли магнитные бури сегодня, 10 июня 2025 года?

Феерия в Москве: Moscow Jazz Festival открылся вариациями великих композиторов




Феерия в Москве: Moscow Jazz Festival открылся вариациями великих композиторов

Фестиваль мотокультуры, музыки и спорта «Движение» на Среднем Урале собрал порядка 120 тыс. человек

Калуга стала центром культурных событий: итоги третьего этапа проекта «Классика для всей семьи»

Дочь многоженца Сухова, пережившая домогательства отца, прошла детектор лжи


«Я обыкновенный, как и все». Артист Белгородской драмы Роман Рощин считает себя счастливым

Россия и Белоруссия договорились о совместной работе в БРИКС и ЕАЭС

Схиигумен Гавриил призвал к миру после конфликта с Алаудиновым

Русская ПВО против бандеровских дронов. ВСУ атаковали 11 российских регионов


Медведев и Рублёв сохранили позиции в рейтинге ATP

Джокович предположил, что это его финальный матч на "Ролан Гаррос"

Финальный матч «Ролан Гаррос» во Франции принес победу Карлосу Алькарасу

Соболенко расплакалась после финала «Ролан Гаррос»


«Я обыкновенный, как и все». Артист Белгородской драмы Роман Рощин считает себя счастливым

Схиигумен Гавриил призвал к миру после конфликта с Алаудиновым

Стоматолог Моисеев рассказал, как холодные напитки портят здоровье зубов

Россия и Белоруссия договорились о совместной работе в БРИКС и ЕАЭС


Музыкальные новости

Николай Цискаридзе рассматривает возможность новой автобиографической книги

Купить Песню. Песни на продажу. Продажа песен.

Николаев, Зорин или Первозвездов? Для чего Цискаридзе берёт псевдоним

Кажетта Ахметжанова: как выбрать свой талисман или оберег из камней



Будут ли магнитные бури сегодня, 10 июня 2025 года?

Феерия в Москве: Moscow Jazz Festival открылся вариациями великих композиторов

IV Международный Московский джазовый фестиваль стартовал в концертном зале Чайковского

Калуга стала центром культурных событий: итоги третьего этапа проекта «Классика для всей семьи»


Власти Татарстана одобрили план строительства Центра фигурного катания Загитовой

Сергей Собянин рассказал, как прошла первая неделя «Лета в Москве»

Ода балету: как мы будем вспоминать Майю Плисецкую в юбилейный год

Юные исполнители Демид Динамит и Ева представили песню «Все мальчишки мишки»


Как ускорить приезд ГАИ на место ДТП

Схватили и увезли: в Москве девушку насильно пытались вернуть в реабилитационный центр

Сотрудники спецназа Росгвардии оказали помощь мужчине с приступом эпилепсии в Москве

За шесть секунд до «сотки»: на ВДНХ показывают гоночный KAMAZ


Кремль сообщил о предстоящем выступлении Путина на Петербургском международном экономическом форуме

Путин заявил, что внешние силы чаще всего провоцируют внутренние потрясения в России

Дуров прокомментировал ситуацию с Путиным и арестом во Франции

Путин заявил, что традиционные ценности определяют суверенное мировоззрение


Возобновление легендарного железнодорожного маршрута Пхеньян-Москва

РЖД планируют восстановить прямое сообщение между Москвой и Пхеньяном

Россия и КНДР возобновляют прямое ж/д сообщение

Россия возобновляет прямое движение поездов в Северную Корею, прерванное больше пяти лет назад



Что Москва знает, а Берлин скрывает: Сергей Лавров раскрыл тайны "дела Навального*"


Будут ли магнитные бури сегодня, 10 июня 2025 года?

Российский стартап вошел в тройку мировых лидеров по цифровизации патоморфологии

На территории санатория «Москва-Крым» прошли Малые Олимпийские игры

Врач-косметолог Зухра Балакеримова: что влияет на старение нашей кожи


Зеленский ввел санкции против лагеря «Артек» в Крыму, «Движения первых» и общества «Знание»

Михаил Шеремет: Зеленский потребовал "действий Америки" после российского удара по Киеву

Кадры для заставки на смартфон Зеленского - как выглядит главный город

Зеленский потребовал «действий Америки» после российского удара по Киеву


700 детей сотрудников предприятий «Норникеля» проведут лето в Краснодарском крае

ЦСКА в 12-й раз триумфовал в Единой лиге ВТБ, обыграв в финале «Зенит»

Детское радио – партнер турнира «Шахматные звезды 5.0»

В Москве откроется выставка скульптур альпиниста Лушникова


Лукашенко заявил, что Беларусь не сможет жить спокойно

Лукашенко обозначил пять ключевых сфер совместной работы с Калининградской областью

Минск готов поставлять продовольствие в Калининградский регион



Сергей Собянин. Главное за день

Собянин утвердил проект планировки участка улично-дорожной сети рядом со станцией «Поклонная» МЦД-4

Собянин рассказал, как прошла первая неделя проекта «Лето в Москве»

Мэр Москвы утвердил проект планировки участка рядом со станцией Поклонная МЦД-4


В Hybe назвали тренды до 2030 года на рынке CTV-рекламы

«Будет перемещаться ниже»: к чему приведет разлив топлива на Енисее

Алексей Сергеевич Горшков рассказывает, как вода ПВВК продлевает активность в пожилом возрасте

СЛД «Унеча» филиала «Московский» ООО «ЛокоТех-Сервис» признано победителем корпоративного конкурса экологических проектов в номинации «Экоинициатива»


«Я обыкновенный, как и все». Артист Белгородской драмы Роман Рощин считает себя счастливым

Рязанка Кира Коновалова победила в конкурсе красоты «Mrs World Russia»

Потребители ждут Баксанский групповой водопровод

«Юмор FM» – партнер релиза «Артек. Сквозь столетия»


Пять регионов согласовали финмодели проектов в сфере ТКО в рамках концессий без конкурса

Молодые специалисты из регионов присутствия ЛУКОЙЛа встретились в Усинске

Тарифы ЖКХ вырастут с 1 июля 2025 года: максимальное повышение до 21%

Индексация ЖКХ: тарифы в Архангельской области вырастут на 20% с июля


Телебашня Симферополя поздравит с Днем России

В 1917 году уже практически победившая в Великой (Первой мировой) войне Российская Империя потерпела крушение

Жилой квартал с миндальной аллеей в г. Симферополь сдадут в 2025 году

В Севастополе подвели итоги работы IX Всероссийского фестиваля театрального искусства для детей «Сказочное королевство»


«Я обыкновенный, как и все». Артист Белгородской драмы Роман Рощин считает себя счастливым

Объявлены лауреаты государственных премий в сфере литературы и искусства

Якунин представил в Москве проект по возрождению орловского села

Следствие обратилось к суду с просьбой о принятии меры пресечения в отношении мэра Красноярска












Спорт в России и мире

Новости спорта


Новости тенниса
ATP

Медведев занял 11-е место в обновлённом рейтинге ATP






Группа людей устроила "похищение" девушки на юге Москвы

Сергей Собянин: Отечественное оборудование приходит на смену иностранному

«Юмор FM» – партнер релиза «Артек. Сквозь столетия»

«Я обыкновенный, как и все». Артист Белгородской драмы Роман Рощин считает себя счастливым