PredIL13: Stacking a variety of machine and deep learning methods with ESM-2 language model for identifying IL13-inducing peptides
by Hiroyuki Kurata, Md. Harun-Or-Roshid, Sho Tsukiyama, Kazuhiro Maeda
Interleukin (IL)-13 has emerged as one of the recently identified cytokine. Since IL-13 causes the severity of COVID-19 and alters crucial biological processes, it is urgent to explore novel molecules or peptides capable of including IL-13. Computational prediction has received attention as a complementary method to in-vivo and in-vitro experimental identification of IL-13 inducing peptides, because experimental identification is time-consuming, laborious, and expensive. A few computational tools have been presented, including the IL13Pred and iIL13Pred. To increase prediction capability, we have developed PredIL13, a cutting-edge ensemble learning method with the latest ESM-2 protein language model. This method stacked the probability scores outputted by 168 single-feature machine/deep learning models, and then trained a logistic regression-based meta-classifier with the stacked probability score vectors. The key technology was to implement ESM-2 and to select the optimal single-feature models according to their absolute weight coefficient for logistic regression (AWCLR), an indicator of the importance of each single-feature model. Especially, the sequential deletion of single-feature models based on the iterative AWCLR ranking (SDIWC) method constructed the meta-classifier consisting of the top 16 single-feature models, named PredIL13, while considering the model’s accuracy. The PredIL13 greatly outperformed the-state-of-the-art predictors, thus is an invaluable tool for accelerating the detection of IL13-inducing peptide within the human genome.
Новости России
Москва
Москвичам знаний хватает // Электронно голосовать на выборах в Мосгордуму намерены почти две трети респондентов
Moscow.media
Частные объявления сегодня
“Кирилл Вечер & Tassy”–музыкальный дуэт из Владимирской области.
Финальная в сезоне «Гонка Героев» в Москве. Партнер – ENERGY
XVI Международный военно-музыкальный фестиваль «Спасская башня» пройдет на Красной площади
В Люберцах сотрудники Росгвардии задержали подозреваемую в краже из магазина
В театральной студии «Зазеркалье» продолжаются репетиции
Муж Анастасии Заворотнюк внезапно заявил о болезни Татьяны Навки
Финал Кубка России по аквабайку: титул чемпиона завоевал представитель Санкт-Петербурга Анастас Панченко
IV Московский Курдский Кинофестиваль объявил программу
Coronation Street’s Martin Platt actor Sean Wilson was axed from soap comeback after ‘a concern was raised’
Hilarious moment Man Utd and England ace Kobbie Mainoo MOCKS injured team-mate Leny Yoro as he struggles to get into car
Who Is Caleb Williams' Girlfriend? He's Dating Alina Thyregod (Photos)
12-year-old debt: Joburg businessman ordered to repay R1 million to elderly sister
Открыто движение по мосту через Волхов
ДТП на орловской трассе: водитель попал в больницу после столкновения с пикапом
Москвичам знаний хватает // Электронно голосовать на выборах в Мосгордуму намерены почти две трети респондентов
Портативный ТСД корпоративного класса Saotron RT-T70
How to watch the Future Games Show's Gamescom showcase today
Masters of Albion — Питер Молиньё анонсировал духовного наследника всех своих игр
Закрытый альфа-тест DFUSE пройдёт в конце октября
Тактическая игра Rogue Waters про пиратов выходит в конце сентября
Депутат Гасан Османов подарил родной школе спортивный инвентарь
Доцента РУДН арестовали по делу о незаконной миграции
Отделение СФР по Москве и Московской области предостерегает: не поддавайтесь на уловки мошенников!
Москвичам знаний хватает // Электронно голосовать на выборах в Мосгордуму намерены почти две трети респондентов
В Люберцах сотрудники Росгвардии задержали подозреваемую в краже из магазина
Ефимов: инвестор откроет в Люблине детсад по программе «1 рубль за кв м в год»
Морские львы оккупировали пляжи Калифорнии
Московские промышленники увеличили парк оборудования на предприятиях
XVI Международный военно-музыкальный фестиваль «Спасская башня» пройдет на Красной площади
Многодетная семья Пономаревых из Балашихи купила дом по льготной программе
Пожилую пациентку с опухолью слюнной железы спасли в Балашихе
SHAMAN спел одну ноту и побил рекорд по продолжительности
Налог на домашних животных направят на содержание приютов
«Его должны были дисквалифицировать». Ник Кирьос недоволен решением по делу Синнера
Александрова вышла в полуфинал турнира WTA-500 в Монтеррее
Павел Котов проиграл Лоренцо Сонего в четвертьфинале турнира в Уинстон-Сейлеме
Котов вышел в четвертьфинал турнира ATP в Уинстон‑Салеме
SHAMAN спел одну ноту и побил рекорд по продолжительности
Теплосети реконструировали на Юбилейном проспекте в Химках
Процесс по делу об экореабилитации реки Миасс в Челябинске продолжится
Боярский возобновил концерты за пределами Петербурга после реабилитации
Музыкальные новости
Суд отклонил жалобу по иску третьей жены Градского на получение наследства
Как белорусская стриптизерша помогла привезти в Минск солиста группы Led Zeppelin
Отголоски легенды: Хали-Гали и дух Виктора Цоя в клубе Ро Ро (видео)
Пришли без приглашения: Волочкова и Сергей Зверев залезли в карету на Неделе моды
В Люберцах сотрудники Росгвардии задержали подозреваемую в краже из магазина
В Подмосковье запретили использовать первые этажи новостроек под жилье
Москвичам знаний хватает // Электронно голосовать на выборах в Мосгордуму намерены почти две трети респондентов
Отделение СФР по Москве и Московской области предостерегает: не поддавайтесь на уловки мошенников!
Собянин: ПВО сбили восемь вражеских беспилотников, летевших в сторону Москвы
Сотрудник СЛД «Боготол-Сибирский» филиала «Красноярский» награжден знаком «За безупречный труд на железнодорожном транспорте 40 лет»
Тюкавин и Кордоба не готовы к яркому футболу — в Москве снова победит оборона. Прогноз на «Динамо» — «Краснодар»
В филиале «Красноярский» прошел флешмоб приуроченный к празднованию Дня государственного флага
Сергей Собянин. Главное за день
Замоскворечье в числе самых безопасных районов ЦАО
Расписание поездов на МЦД-3 изменится 24 августа
Источник 360.ru: в Отрадном в закрытой машине обнаружили тело мужчины
Визит Путина в Баку: ценой антироссийскости Пашиняна являются Арцах и Армения
Заменит ли Москва Армению Азербайджаном в качестве союзника или главного партнера?
Владимир Путин принял в Кремле Премьера Госсовета КНР Ли Цяна
Владимир Путин предлагает принять иностранцев, бегущих от деструктивной неолиберальной идеологии Запада
Вирус не пройдет: в чем смысл иммунизации населения
Суд отправил под домашний арест активиста Константина Котова по делу о донатах ФБК
В Москве участника несанкционированных митингов арестовали за финансирование ФБК
Суд в Москве отправил под домашний арест участника митингов за донат ФБК
Суд Москвы отправил под домашний арест активиста Котова за финансирование ФБК*
Педиатры – в топе: более 37% детей регулярно проходят медицинские осмотры
Врач Николаева рассказала о вреде гречки
Показатель СОЭ у детей: Доктор Юзуп рассказала, когда нужно беспокоиться
Педиатр Николаева предупредила об опасности гречки для людей с проблемами ЖКТ
«Дроны, капкан и Калач»: Киев атаковал Волгоградскую область с «мечтами» о переговорах
Гендиректор МАГАТЭ планирует посетить Курскую АЭС и Киев
Детские секции в спортивном клубе «Колибри» в ТРЦ «Нора»
Блогеры «Инсайт Люди» приняли участие в XI Чемпионате России по пахоте
Финал Кубка России по аквабайку: титул чемпиона завоевал представитель Санкт-Петербурга Анастас Панченко
Сергей Собянин: москвичи побеждают в школьных олимпиадах по всему миру
МИД Казахстана в ответ на критику Лукашенко призвал Минск к объективности
Лукашенко: Белоруссия и КНР заключат соглашение о зоне свободной торговли
Проекты на $3 миллиарда и большой приход китайских технологий. О чем говорили Лукашенко и премьер Госсовета КНР Ли Цян
Лукашенко определил самую актуальную задачу в сотрудничестве с Китаем
Сергей Собянин: москвичи побеждают в школьных олимпиадах по всему миру
Собянин рассказал о победах столичных школьников на международных олимпиадах
Сергей Собянин. Главное за день
Сергей Собянин сообщил о планах развития пассажирского электрофлота
Колдун из провинции. Впервые за историю псковского рыболовного спорта Илья Михайлов завоевал звание чемпиона России
Волонтеры провели субботник на берегу канала имени Москвы в Дмитрове
Здания комплексов «Останкино» и «Бутово» получили сертификат «Клевер»
Подстреленного краснокнижного орлана отправили в Москву
Владимир Ефимов: Инвестор откроет детский сад по программе «1 рубль за квадратный метр в год» в районе Люблино
Процесс по делу об экореабилитации реки Миасс в Челябинске продолжится
Торжественная церемония вручения паспортов подросткам прошла в Дмитрове
Станислав Кондрашов делится 12 архетипами, которые изменят ваш подход к маркетингу
Портативный ТСД корпоративного класса Saotron RT-T70
Портативный сканер штрих-кодов Heroje H133U на базе CMOS-матрицы
В Архангельской области ожидается усиление ветра до 18 м/с
Экспедиция ВИР продолжает исследование растительных культур Поморья
22 августа телевизионная мачта в Оренбурге окрасится в цвета триколора
Выставка зрительских симпатий «И в каждом кадре скрыто мастерство»
Телемачта Саранска 22 августа, в День российского флага окрасится в цвета триколора
«Сократил путь к западному побережью». Крым обрастает новыми дорогами
Глава РПЦ назвал россиян европейцами без западных ценностей
Минимущества Подмосковья напомнило преимущества гаражной амнистии
Развод, «пластика», одиночество. Как встречает 60-летие Алена Апина?
Берегов пролив: в конце лета в центре РФ будет жарко, а в Приморье — мокро