IMI-driver: Integrating multi-level gene networks and multi-omics for cancer driver gene identification
by Peiting Shi, Junmin Han, Yinghao Zhang, Guanpu Li, Xionghui Zhou
The identification of cancer driver genes is crucial for early detection, effective therapy, and precision medicine of cancer. Cancer is caused by the dysregulation of several genes at various levels of regulation. However, current techniques only capture a limited amount of regulatory information, which may hinder their efficacy. In this study, we present IMI-driver, a model that integrates multi-omics data into eight biological networks and applies Multi-view Collaborative Network Embedding to embed the gene regulation information from the biological networks into a low-dimensional vector space to identify cancer drivers. We apply IMI-driver to 29 cancer types from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and compare its performance with nine other methods on nine benchmark datasets. IMI-driver outperforms the other methods, demonstrating that multi-level network integration enhances prediction accuracy. We also perform a pan-cancer analysis using the genes identified by IMI-driver, which confirms almost all our selected candidate genes as known or potential drivers. Case studies of the new positive genes suggest their roles in cancer development and progression.
Новости России
Москва
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
Moscow.media
Частные объявления сегодня
С начала 2024 года более 2,5 тысячи многодетных мам в Московском регионе досрочно вышли на пенсию
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
Более 6 миллионов жителей Московского региона выбрали электронные трудовые книжки
Социальный фонд оказывает помощь эвакуированным жителям Курской области
Студия Звукозаписи в Москве. Создание Песен, Музыки, Аранжировок.
Выставки «Интерткань» и Textile&Home состоятся с 10 по 12 сентября в четырех павильонах «Экспоцентра»
Певец и музыкант Алекс Анохин: и тут, и там
Новые звезды артистов, дизайнеров и предпринимателей зажглись на IV Фестивале “Красивый бизнес России – Мода. Музыка. Кино”
Eleven sensational Premier League transfers that could yet be done including huge deals for Man Utd and Chelsea
Illegal migrant, caught and released at border, convicted of sex crimes against Virginia child
Camp Abilities closes out successful summer
Boeing ‘humiliated’ over upstart rival SpaceX rescuing stuck astronauts | Reporter Replay
На неделю введут реверс на мосту через Чусовую на трассе Р-242 в Свердловской области
Машина в хлам: под Орлом автомобиль влетел в дерево
Более 6 миллионов жителей Московского региона выбрали электронные трудовые книжки
Ваш Galaxy S4 больше не сможет звонить: Билайн отключил 3G в Москве
Valve's Deadlock has finally been announced, and it's as much a MOBA as it is a shooter
INCUBO M: Horror Adventure появилась в Google Play
Dragon Age: The Veilguard is getting a prequel in the form of an audio drama podcast
Drive Zone Online 1.0.0 (502)
В этом году Отделение СФР по Москве и Московской области компенсировало стоимость полиса ОСАГО 1 192 жителям региона
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
Подбор персонала через кадровое агентство: преимущества и особенности
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
Космонавт Олег Артемьев: Жителям нравятся изменения в Покровском парке
Врач Варданян предупредил о популярных, но совершенно нерабочих методах лечения
Пять главных преимуществ металлических каркасов офисных кресел
Жителям Таганки рассказали правду о ходе реновации
Обновление спортивного парка в Ватутинках начнется со встречи с подрядчиком
Около 100 тыс человек сыграли в «Камень, ножницы, бумага» на чемпионате в Москве
Новый индустриальный парк построят в Мытищах в 2025 году
Россиянин Рублев уверенно победил бразильца Уайлда на старте US Open
Шелтон о достижениях Тима на «Больших шлемах»: «Четыре финала и титул – то, о чем дети могут только мечтать. Я имею в виду себя, это было не так давно»
Теннисист Рублев вышел во второй раунд US Open
Елену Рыбакину «лишили» разгрома на старте US Open-2024
Новый индустриальный парк построят в Мытищах в 2025 году
Жителям Таганки рассказали правду о ходе реновации
Сколько зарабатывал легендарный футболист СССР в провинции. Ему платили просто немыслимые деньги
Обновление спортивного парка в Ватутинках начнется со встречи с подрядчиком
Музыкальные новости
Оркестр Сергея Жилина выступит на «Музыкальной осени Ставрополья»
Артисты из Турции выступят на юбилейном джазовом фестивале Игоря Бутмана в Сочи
Певица Лолита призналась, что не осуждает проституцию
Фестиваль «Послушайте!» по случаю 100-летия Булата Окуджавы пройдёт в Дзержинске
"Новая волна" вернулась в Сочи с новой ведущей Аленой Белой
Амбассадор фонда без кистей рук установил мировой рекорд в дисциплине стронгмен
Подбор персонала через кадровое агентство: преимущества и особенности
В этом году Отделение СФР по Москве и Московской области компенсировало стоимость полиса ОСАГО 1 192 жителям региона
"Он их отдаст". Симоньян назвала вероятную цель задержания Дурова
Мишустин сообщил об активной работе по сокращению аварийного жилого фонда в РФ
"Новая волна" вернулась в Сочи с новой ведущей Аленой Белой
Новые звезды артистов, дизайнеров и предпринимателей зажглись на IV Фестивале “Красивый бизнес России – Мода. Музыка. Кино”
Дептранс: мотоцикл столкнулся с машиной на Новом Арбате в Москве
Мотоцикл и автомобиль столкнулись на Новом Арбате
Производитель электромобиля «Атом» сделал заказ новосибирским компаниям и вузу
Степан Орлов: Благодаря «Московскому долголетию» представители старшего поколения стали больше путешествовать
Бывший премьер РФ рассказал, что отличает Путина от его предшественников
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
Свыше 4,8 тыс. случаев заболевания COVID-19 выявили в Москве за неделю
Заболеваемость коронавирусом в Москве выросла за неделю
Студенты РГУНХ имени Вернадского ознакомились с работой онкодиспансера в Балашихе
Врач-стоматолог Татьяна Сумцова: новый тренд опасен для здоровья зубов
Utrace поможет фармкомпаниям быстрее получать сведения о движении лекарств, произведенных контрактными заводами
Косметолог Мадина Байрамукова: какие процедуры стоит сделать после лета
Зеленский признал, что некоторые обещания Запада перед Киевом не реализуются месяцами
Польша впервые раскрыла список и объём помощи режиму Зеленского
«Тюмень» хочет подписать экс-вратаря «Краснодара» и «Зенита» Крицюка
DCLogic поддержит титульный бой чемпионки мира на международном турнире по боксу
Объявлены судьи на матчи 3-го тура группового этапа Пути РПЛ Кубка России
Пятикратный олимпийский чемпион Михаин Лопес посетил Москву
Лукашенко заявил о желании возобновить сотрудничество с Молдовой
Педагоги со всей Беларуси прибыли в Минск. Перед ними выступит Лукашенко
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин: Образование Москвы готово к началу нового учебного года
Собянин: Москву-реку разделили на участки для отдыха и прогулочных маршрутов
Собянин рассказал о росте электромобилестроения в Москве
Производитель электромобиля «Атом» сделал заказ новосибирским компаниям и вузу
Авто и эко: какие промышленные кластеры появятся в ТиНАО
Неделя финансовой грамотности научит, как сберечь и приумножить свои капиталы
Собянин рассказал о росте электромобилестроения в Москве
Обновление спортивного парка в Ватутинках начнется со встречи с подрядчиком
Новый индустриальный парк построят в Мытищах в 2025 году
Суд Москвы приговорил к шести годам колонии хакера, который украл 1 млрд рублей
Губернский театр стал федеральным
В Архангельске подвели итоги работы Всероссийского медицинского трудового проекта Российских студенческих отрядов «Коллеги»
Вильфанд предупредил о жаре в более чем 15 регионах России
На трассе Москва-Архангельск мусоровоз опрокинулся в кювет
В росте цен на новостройки в Архангельске наступил период стагнации
Телевизионная мачта Оренбуржья включит подсветку в честь 81-ой годовщины победы в Курской битве
Акция-настроение «С книжных страниц – на большой экран»
Литературный агент для Писателей и Поэтов.
Еженедельный вестник катастроф
Суд Москвы приговорил к шести годам колонии хакера, который украл 1 млрд рублей
Обновление спортивного парка в Ватутинках начнется со встречи с подрядчиком
Общественный штаб: тестовое голосование перед сентябрьскими выборами прошло успешно
Мать с дочерью 2,5 года жили в рабстве в подмосковной деревне