Comparison of machine learning methods for genomic prediction of selected Arabidopsis thaliana traits
by Ciaran Michael Kelly, Russell Lewis McLaughlin
We present a comparison of machine learning methods for the prediction of four quantitative traits in
Arabidopsis thaliana. High prediction accuracies were achieved on individuals grown under standardized laboratory conditions from the
1001 Arabidopsis Genomes Project. An existing body of evidence suggests that linear models may be impeded by their inability to make use of non-additive effects to explain phenotypic variation at the population level. The results presented here use a nested cross-validation approach to confirm that some machine learning methods have the ability to statistically outperform linear prediction models, with the optimal model dependent on availability of training data and genetic architecture of the trait in question. Linear models were competitive in their performance as per previous work, though the neural network class of predictors was observed to be the most accurate and robust for traits with high heritability. The extent to which non-linear models exploit interaction effects will require further investigation of the causal pathways that lay behind their predictions. Future work utilizing more traits and larger sample sizes, combined with an improved understanding of their respective genetic architectures, may lead to improvements in prediction accuracy.
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
В этом году Отделение СФР по Москве и Московской области компенсировало стоимость полиса ОСАГО 1 192 жителям региона
Запуск нового ювелирного бренда Gosha Kartsev
Вадим Терещук: «Радио модно и навсегда, как сумка Birkin»
«585*ЗОЛОТОЙ» запускает новый сезон проекта об истории культовых мировых украшений
Новые звезды артистов, дизайнеров и предпринимателей зажглись на IV Фестивале “Красивый бизнес России – Мода. Музыка. Кино”
Eleven sensational Premier League transfers that could yet be done including huge deals for Man Utd and Chelsea
Boeing ‘humiliated’ over upstart rival SpaceX rescuing stuck astronauts | Reporter Replay
America ramps up hunt for Hamas boss Yahya Sinwar to try to stop all-out Middle East war
Deontay Wilder Rules Out Incredible Comeback Fight Offer: “Not Interested”
ТСД промышленного класса Saotron RT-Т510
В Челябинской области задержали автомобилиста, сбившего двух молодых пешеходов на обочине
Clair Obscur: Expedition 33 creative director speaks about the dark fantasy RPG's stunning Unreal Engine 5 graphics: 'It’s a key foundation for the studio to really look for the latest technology'
Drive Zone Online 1.0.0 (502)
Выживач Tiles of Survive доступен в Google Play 27 стран
Super Farming Boy можно предзаказать через App Store
С начала 2024 года более 2,5 тысячи многодетных мам в Московском регионе досрочно вышли на пенсию
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
Социальный фонд оказывает помощь эвакуированным жителям Курской области
ГПМ Радио участвует в деловой программе Московского медиафестиваля на ВДНХ
Проект о бесплатном горячем питании для учеников 5-9 классов внесут в Госдуму
Создатели красивых тел требуются в Забайкалье
В Венесуэле заявили о готовности вести диалог с США
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
За попытку подрыва воронежского военкомата инженер Лозовой сядет на 18 лет
Микрорайоны Горняк и Новый Поселок соединит новая дорога
В Гидрометцентре спрогнозировали до +28 градусов в Москве 29 августа
В Москве нашли сбежавшую из дома ради любви 17-летнюю жительницу Якутии
Хачанов проиграл в самом долгом матче в истории турнира US Open
Рейтинг WTA. Носкова стала №25, Эрика Андреева поднялась на 14 строчек, Потапова – на пять
Россиянин Рублев уверенно победил бразильца Уайлда на старте US Open
Шелтон о достижениях Тима на «Больших шлемах»: «Четыре финала и титул – то, о чем дети могут только мечтать. Я имею в виду себя, это было не так давно»
Тульские гимнастки стали победительницами Кубка Губернатора в Рязани
«В НХЛ говорят, что турниры без России — это не так интересно»
Три утренних авиарейса до Москвы задержали в Кузбассе
В Гидрометцентре спрогнозировали до +28 градусов в Москве 29 августа
Музыкальные новости
Певица Иркэ станет хедлайнером Дня республики в Менделеевске
В Самаре на День города выступит Сергей Трофимов и группа Uma2rman
«Процентов 70 — правда»: Тимати о восприятии женщин как красивого трофея и холодности в отношениях
Экс-форвард сборной Казахстана забил первый гол за клуб рэпера Басты. Видео
ГПМ Радио участвует в деловой программе Московского медиафестиваля на ВДНХ
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
Мытищинское предприятие ООО «Водомер» получило Диплом победителя в региональном конкурсе «100 лучших товаров России»
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
У московских камер свои виды // Столица получила особые полномочия для установки и настройки дорожных комплексов
Владимирские туристы могут путешествовать по древнейшему городу Верхневолжья с новым цифровым аудиогидом МТС
Актер Дмитрий Дюжев сыграет Джо Байдена в комедийном сериале «Гудбай» на ТНТ
"Спартак" уступил махачкалинскому "Динамо" в матче Кубка России
«Спросил «Ты еврей? Я не повезу»
Станислав Кондрашов из ТЕЛЬФ АГ: автопроизводители Европы возглавят переход к “зеленой стали”?
В Москве на МСД столкнулись два грузовика
Мотоциклист столкнулся с автомобилем в центре Москвы
Филиал Национального центра «Россия» появится в Иркутске
Владислав Шапша работает в Москве над новым нацпроектом «Кадры»
Ярославский губернатор передал Владимиру Путину шеврон СВО
Свыше 4,8 тыс. случаев заболевания COVID-19 выявили в Москве за неделю
Заболеваемость коронавирусом в Москве выросла за неделю
Эндокринолог Матяж: У здоровых детей норма содержания сахара должна составлять менее 5,6 ммоль/л
Около 100 кулинарных клубов открыли участники «Московского долголетия»
В театральной студии психиатрической больницы «Зазеркалье» продолжаются репетиции
Психотерапевт Файнзильберг объяснил, почему полезно разговаривать с собой
Киев посадит за штурвалы пенсионеров: что еще выпросит Зеленский на предстоящей встрече с Байденом
«Они убивали чеченцев». Зеленский заявил, что его окруженцы причастны к ликвидации чеченского спецназа в Киеве
Кубок России. «Локомотив» — «Химки». Прямая трансляция, смотреть онлайн
Дубль 17-летнего Окишора помог "Динамо" обыграть "Крылья Советов" в Кубке России
В промышленном коворкинге «Коледино» появится алюминиевая спортивная площадка «КЕНГУРУ.ПРО»
«Динамо» Москва — «Крылья Советов» — 5:1. Видеообзор матча Кубка России
Президент Белоруссии Лукашенко прокомментировал арест Павла Дурова
Луκaшeнκο paccκaɜaл, κaκ eгο οтpывaют οт Ροccии
Лукашенко рассказал, как Беларусь пытаются оторвать от России
Собянин: Москва продолжит внедрять новые инструменты для поддержки бизнеса
Собянин рассказал о выходе столичных компаний на зарубежные рынки
Собянин: Городская программа помогает создавать рабочие места ближе к дому
Сергей Собянин. Главное за день
Источник 360.ru: семью с двумя детьми и друзьями ищут в лесу в Новой Москве
В общественном штабе "ЕР" обсудили молодежные проекты
В общественном штабе «ЕР» обсудили молодежные проекты
Раненый краснокнижный орлан, доставленный из Саратова в Москву, погиб
КНР и РЖД связывают три буквы — СМП. Арктический экспресс принял эстафету у китайских моряков и повёл по железным дорогам России контейнеры с Севморпути
Микрорайоны Горняк и Новый Поселок соединит новая дорога
Эстафеты и конкурсы проведут для детей в парке Толстого в Химках 1 сентября
Три утренних авиарейса до Москвы задержали в Кузбассе
На трассе Москва-Архангельск мусоровоз опрокинулся в кювет
В росте цен на новостройки в Архангельске наступил период стагнации
В Архангельске подвели итоги работы Всероссийского медицинского трудового проекта Российских студенческих отрядов «Коллеги»
Портативный ТСД корпоративного класса Saotron RT-T70
В Крыму трое мужчин избили подростков из-за мяча, попавшего в автомобиль
Часть Симферполя без света, Евпатория и часть Ялты без воды
«Уходящая натура». Доходность в Севастополе от студий выше, чем в Симферополе
Акция-настроение «С книжных страниц – на большой экран»
Член ОНК Москвы Ботова: Блиновская рисует картины в СИЗО
Три утренних авиарейса до Москвы задержали в Кузбассе
В Москве нашли сбежавшую из дома ради любви 17-летнюю жительницу Якутии
Микрорайоны Горняк и Новый Поселок соединит новая дорога