Добавить новость
ru24.net
News in English
Ноябрь
2024

Revio Refresh

0
ASHG is ongoing and tonight PacBio has a big party planned, with an unnamed musical guest.  Rumors swirl as to what will be announced at that event.  But in advance of the meeting, last week PacBio described multiple updates to the Revio platform, an instrument which made its debut two years ago at ASHG.  PacBio CEO Christian Henry was kind enough to chat with me last week about the upgrades.

SPRQ

The flashiest announcement is the new SPRQ flowcell chemistry for Revio.  SPRQ increases yields without reducing quality, enabling two 20X human genomes to be generated per flowcell for $500 in library prep plus running cost (but that cost not including sample prep or downstream analysis).  Of course, once you are multiplexing samples there's opportunity to use the instrument capacity for non-integer numbers of genomes per flowcell, so this could also mean running ten 16X genomes per run or the non triskadecaphobic could pack thirteen 12X human genomes per run.  And so forth.  

Not only more genomes per flowcell, but both 5mC (in CpG context) and 6mA methylation calling.  Henry noted that the 5mC fraction can be a useful indicator of the degree of bacterial contamination of a sample - such as one from saliva (more on this below).  PacBio is excited about FiberSeq methods for chromatin accessibility (which I covered back in the spring) enabled by the 6mA detection.

More data is great, but perhaps equally valuable is lowering the amount of input required.  Instead of 2 micrograms of total library, the requirement is now only 500 nanograms.  And that is total library - if multiplexing two samples then each must yield only 250 nanograms.  Nothing has changed in the library prep - which must yield a sigh of relief from companies such as Volta working on PacBio compatible library automation.

On the technical side, SPRQ hosts a new polymerase and new buffers, yielding subreads which are about 2 phred points higher in accuracy.  That doesn't sound like much, but anyone who has worked with noisy reads will grasp how just a small improvement in accuracy greatly eases the alignment and other steps involved in the CCS and DeepConsensus algorithms.  That will also mean that subread sets that previously wouldn't yield high quality data now will.   PacBio also changed how the sample is applied to the flowcell, enabling more of the ZMWs to be productively loaded (this is covered in more detail by Nava Whiteford).  So better raw data from more ZMWs to yield an overall increase in HiFi data yield.

Along with all this improvement, Revio is dropping in list price from $779K to $599K - or similar to what the list used to be on a Sequel IIe. 

Ready for Their Spit Take

Back in 2021 PacBio acquired sample prep maker Circulomics.  The Circulomics Nanobind PanDNA kit has been a workhorse for many sample types - but not saliva.  Now saliva joins the list of sample types, opening up much easier access to human samples, with a 500 microliter sample requirement.  I haven't done a spit test myself - but have swabbed each of my dogs.  Coupled with SPRQ's lesser input requirement - and the 5mC calling for quality control - Revio should become even more popular for human genetics research

Head in the Cloud

For years it has been an option to process your PacBio data in the cloud, if you were willing to learn the intricate geekery of setting up and maintaining cloud compute resources. PacBio will soon (Q1) be rolling out SMRT Link Cloud, usable with any S3 compatible cloud (e.g. AWS, GCP or Azure) compute provider.  The software is free; users are responsible for paying their own cloud costs.  Henry suggested that in the future there might be subscription-based advanced analysis tools, but that's not a given. SMRT Link Cloud is also intended to interface cleanly with analysis partners such as GeneYX or DNANexus.  Or perhaps ultimately from some lab that isn't yet using HiFi - Henry believes "our best ideas will come from our customers" 

Closing

As noted, there is a big event tonight with many rumors surrounding it (alas, the grim reaper has prevented a proper Fleetwood Mac from being the musical headliners).  If you want to start any rumors about whether Christian & I discussed anything beyond what is above, you have about half a day to propagate them.



Moscow.media
Частные объявления сегодня





Rss.plus




Shazam. Увеличение прослушиваний в Shazam. Прослушивание песни в Shazam.

Сеть клиник «Будь Здоров» обновила функционал мобильного приложения

«73,8 млн прослушиваний»: «Ура! Музыка» подвел итоги

Марина Шершнева: «Что готовит бизнесу налоговая реформа 2025 года. Все, что вы должны знать»


Arsenal ‘pushing hardest’ for Julian Alvarez transfer but face battle with Premier League rivals for ex-Man City star

Anupamaa actress Rupali Ganguly’s day isn’t complete without a call to her son Rudransh from set

Half the world population could be diabetic or insulin resistant by 2050

Exact date in DAYS millions of Nationwide customers will find out if they’ll get £100 free cash


Жители новостройки в Московской области получили доступ к услугам связи от УГМК-Телеком

Киберэксперт GSOC Жданухин: хакеры используют доверие к Zenmap и WinMTR

«Битцевский маньяк» захотел в колонию поближе к Москве, но получил отказ

«Калейдоскоп»: Артём Кинг презентовал новый трек


Алмазы в Whiteout Survival: где собирать, как приумножать и на что тратить

Игра Cultivation Chat Group заняла топ-7 в китайском App Store

Началась предзагрузка Crystal of Atlan на PC и смартфонах

Metal Force 3.51.0



Основные ошибки при монтаже систем отопления и почему лучше обратиться к специалистам

«73,8 млн прослушиваний»: «Ура! Музыка» подвел итоги

Авиакомпания «Ямал» информирует о задержке рейсов в/из Москвы

Страсти по балету. Спектакль «Я, Майя» в театре «У Никитских ворот»




Народный календарь. Что можно и чего нельзя есть на Евдокию Свистунью, 30 мая

Трамп предупредил Путина, что Россия играет с огнем

Неожиданные гости: массовые скопления пчел зафиксированы в двух городах России

Собянин: Пресечена еще одна попытка атаки беспилотника на Москву


Полиция вступила в драку с фанатами "Челси" и "Реал Бетиса" в Польше

Суд Москвы заблокировал видео с продажей ответов на ЕГЭ-2025 на YouTube

Архангельские гребцы завоевали две медали на первенстве России в Краснодаре

Тест на антиутопию: на что похож закон о контроле иностранцев через смартфоны


Кудерметова на «Ролан Гаррос»: успешный старт и важная победа в Париже

Бадоса обыграла Наоми Осаку и вышла во второй круг «Ролан Гаррос»

«Возвращение в десятку — одна из задач» // Экс-девятая ракетка мира Вероника Кудерметова о задачах на сезон

Монфис совершил камбэк с 0-2 и пробился во второй раунд "Ролан Гаррос"


Монфис совершил камбэк с 0-2 и пробился во второй раунд "Ролан Гаррос"

Умер актер фильма «Каникулы Кроша» Василий Фунтиков

530 тысяч для Аиши. Новости фонда «АиФ. Доброе сердце»

В Брянске во время сбития беспилотника пострадали окна жилого дома


Музыкальные новости

Свадьбы не было? Раскрыт секрет статуса дочери Волочковой Ариадны

Малахов прокомментировал заявление Тимати о волшебной «воде с фтором»

Стало известно, что у Фредди Меркьюри есть тайная дочь

Урну с прахом Юрия Григоровича захоронят рядом с могилой его супруги на Новодевичьем кладбище



Авиакомпания «Ямал» информирует о задержке рейсов в/из Москвы

Основные ошибки при монтаже систем отопления и почему лучше обратиться к специалистам

«73,8 млн прослушиваний»: «Ура! Музыка» подвел итоги

На подлете к Москве за ночь силы ПВО уничтожили 33 беспилотника


Собянин: иммерсивный музей на Красной площади расскажет о событиях ВОВ

Народный календарь. Что можно и чего нельзя есть на Евдокию Свистунью, 30 мая

Shazam. Увеличение прослушиваний в Shazam. Прослушивание песни в Shazam.

Какой сегодня праздник: 27 мая – День города Санкт-Петербурга


Княжевская: Автосервис, мойка и минимаркет появятся в составе АЗС в районе Вороново

«Автокод» внедрил сервис проверки и оплаты штрафов ГИБДД по госномеру авто

Собянин рассказал, каким будет новый пешеходный мост на остров Балчуг

В Туапсе росгвардейцы задержали мужчину по подозрению в попытке хищения бензина с АЗС


Президент Лаоса извинился перед Путиным за отсутствие на Дне Победы в Москве

Президент Лаоса извинился, что не смог приехать на День Победы в Москву

Российская экономика приближается к "мягкой посадке"





Спортивные протезы: зачем они нужны и почему это важно

«Абсолют Страхование» и Spirit. Fitness запустили страховую подписку для клиентов фитнес–клуба

В 2025 году Отделение СФР по Москве и Московской области оплатило больничные и декретные 2 400 индивидуальным предпринимателям

В 2024 году Отделение СФР по Москве и Московской области оплатило более 330 тысяч дополнительных выходных дней по уходу за детьми с инвалидностью



Монфис совершил камбэк с 0-2 и пробился во второй раунд "Ролан Гаррос"

Спортивные протезы: зачем они нужны и почему это важно

Кадет Пермского президентского кадетского училища Росгвардии стал победителем регионального этапа Всероссийского чемпионата пилотирования дронов

Команда росгвардейцев победила в XIX Международном турнире по дзюдо среди полиции и армии




Собянин: Средствами ПВО уничтожено еще два БПЛА, атаковавших Москву

Собянин: Москва отбила атаку 33 вражеских дронов без потерь и ущерба

Собянин рассказал о предстоящем открытии иммерсивного музея

Собянин рассказал, каким будет новый пешеходный мост на остров Балчуг


«Турбозавры» подвели итоги творческого конкурса «Экозавр-25»

Станислав Кондрашов раскрывает связь между экономическим успехом и культурным вкладом

Олигархи и зелёные технологии - анализ Станислава Кондрашова

Биолог Марьинский предупредил о нашествии гигантских слизней в Москве


Московский регион накроет «тополиная метель»

Празднование Дня пограничника в России

Обнаружена схема обхода высокой стоимости ипотечного кредитования, разработанная застройщиками

В контракте Ямалья с «Барселоной» указаны сумма отступных


В суд направлено уголовное дело о незаконной охоте с причинением крупного ущерба на территории Ненецкого автономного округа

Заместитель прокурора Архангельской области и Ненецкого автономного округа Павел Матанцев и Уполномоченный по правам ребенка в Ненецком автономном округе Галина Гуляева проведут личный приём жителей Ненецкого автономного округа по вопросам защиты пра

Международный фестиваль блюза стартовал в Архангельске

Жара накроет регионы России


Запущен новый поезд, соединяющий Таганрог и Симферополь

Тысячи людей без света - что происходит с электричеством в Крыму

На продажу выставили легендарный броневик Комбат Т98 2011 года: очень дорого

Мы служим книге, чтобы книга служила людям


В RooX UIDM обновили и улучшили настройку прав доступа по модели ABAC

Самыми популярными крымскими брендами являются алкогольные напитки

Жена Овечкина поделилась фото и видео со дня рождения сына в Москве

Первое британское летающее такси провели испытания в открытом воздушном пространстве












Спорт в России и мире

Новости спорта


Новости тенниса
Анастасия Павлюченкова

Теннисистка Анастасия Павлюченкова: Болезнь Лайма была обнаружена в запущенной стадии






Президент Лаоса извинился перед Путиным за отсутствие на Дне Победы в Москве

Собянин: Москва отбила атаку 33 вражеских дронов без потерь и ущерба

Министр обороны РФ высоко оценил модульные казармы из Малоярославца

Празднование Дня пограничника в России