Добавить новость
ru24.net
News in English
Ноябрь
2024

Revio Refresh

0
ASHG is ongoing and tonight PacBio has a big party planned, with an unnamed musical guest.  Rumors swirl as to what will be announced at that event.  But in advance of the meeting, last week PacBio described multiple updates to the Revio platform, an instrument which made its debut two years ago at ASHG.  PacBio CEO Christian Henry was kind enough to chat with me last week about the upgrades.

SPRQ

The flashiest announcement is the new SPRQ flowcell chemistry for Revio.  SPRQ increases yields without reducing quality, enabling two 20X human genomes to be generated per flowcell for $500 in library prep plus running cost (but that cost not including sample prep or downstream analysis).  Of course, once you are multiplexing samples there's opportunity to use the instrument capacity for non-integer numbers of genomes per flowcell, so this could also mean running ten 16X genomes per run or the non triskadecaphobic could pack thirteen 12X human genomes per run.  And so forth.  

Not only more genomes per flowcell, but both 5mC (in CpG context) and 6mA methylation calling.  Henry noted that the 5mC fraction can be a useful indicator of the degree of bacterial contamination of a sample - such as one from saliva (more on this below).  PacBio is excited about FiberSeq methods for chromatin accessibility (which I covered back in the spring) enabled by the 6mA detection.

More data is great, but perhaps equally valuable is lowering the amount of input required.  Instead of 2 micrograms of total library, the requirement is now only 500 nanograms.  And that is total library - if multiplexing two samples then each must yield only 250 nanograms.  Nothing has changed in the library prep - which must yield a sigh of relief from companies such as Volta working on PacBio compatible library automation.

On the technical side, SPRQ hosts a new polymerase and new buffers, yielding subreads which are about 2 phred points higher in accuracy.  That doesn't sound like much, but anyone who has worked with noisy reads will grasp how just a small improvement in accuracy greatly eases the alignment and other steps involved in the CCS and DeepConsensus algorithms.  That will also mean that subread sets that previously wouldn't yield high quality data now will.   PacBio also changed how the sample is applied to the flowcell, enabling more of the ZMWs to be productively loaded (this is covered in more detail by Nava Whiteford).  So better raw data from more ZMWs to yield an overall increase in HiFi data yield.

Along with all this improvement, Revio is dropping in list price from $779K to $599K - or similar to what the list used to be on a Sequel IIe. 

Ready for Their Spit Take

Back in 2021 PacBio acquired sample prep maker Circulomics.  The Circulomics Nanobind PanDNA kit has been a workhorse for many sample types - but not saliva.  Now saliva joins the list of sample types, opening up much easier access to human samples, with a 500 microliter sample requirement.  I haven't done a spit test myself - but have swabbed each of my dogs.  Coupled with SPRQ's lesser input requirement - and the 5mC calling for quality control - Revio should become even more popular for human genetics research

Head in the Cloud

For years it has been an option to process your PacBio data in the cloud, if you were willing to learn the intricate geekery of setting up and maintaining cloud compute resources. PacBio will soon (Q1) be rolling out SMRT Link Cloud, usable with any S3 compatible cloud (e.g. AWS, GCP or Azure) compute provider.  The software is free; users are responsible for paying their own cloud costs.  Henry suggested that in the future there might be subscription-based advanced analysis tools, but that's not a given. SMRT Link Cloud is also intended to interface cleanly with analysis partners such as GeneYX or DNANexus.  Or perhaps ultimately from some lab that isn't yet using HiFi - Henry believes "our best ideas will come from our customers" 

Closing

As noted, there is a big event tonight with many rumors surrounding it (alas, the grim reaper has prevented a proper Fleetwood Mac from being the musical headliners).  If you want to start any rumors about whether Christian & I discussed anything beyond what is above, you have about half a day to propagate them.



Moscow.media
Частные объявления сегодня





Rss.plus




Клубный дом Моне - жилой комплекс, вдохновленный искусством

ГК «ДИАКОН» собрала во Владикавказе 80 специалистов по лабораторной диагностике

Оздоровительное путешествие c Angsana Velavaru

ГК «ДИАКОН» представляет современные решения лабораторной диагностики на XI Международном конгрессе «Санаторно-курортное лечение»


Australia approves 40-year extension for contentious gas plant

EuroMillions jackpot rolls over to £185,000,000 after no one claims ticket

I had a bitter divorce with my ex-husband. I didn't expect his new wife to become one of my best friends years later.

Half the world population could be diabetic or insulin resistant by 2050


Axenix: 42% международных FMCG-компаний в России уже локализовали ИТ-ландшафты

Эксперты НПС разрабатывают проектную документацию реконструкции аэропорта Сочи

В российском регионе обнаружили иностранца, который 15 лет не вставал на воинский учет

Внедренческий центр «Раздолье» перевел «Интерпринт Рус» на 1С


Metal Force 3.51.0

Игра Cultivation Chat Group заняла топ-7 в китайском App Store

Началась предзагрузка Crystal of Atlan на PC и смартфонах

Алмазы в Whiteout Survival: где собирать, как приумножать и на что тратить



Relax FM приглашает на премьеру From IN от XIEXIN DANCE THEATRE

Люси Пылаева и гигантский Labubu: новый уровень модной иронии на RU.TV 2025

Эксперты ГПМ Радио выступят на ежегодной конференции РАР в Сочи

Сварщик - это не профессия, а призвание!




Собянин рассказал, каким будет новый пешеходный мост на остров Балчуг

Самара вошла в топ городов-миллионников с высокими медианными зарплатами

Вильфанд: В Москве с началом лета температура снизится до +20 °C

Американский рэпер Tyga прилетел в Россию на частном самолете


Жена Овечкина Шубская заявила, что следующий сезон станет последним в НХЛ

Relax FM приглашает на премьеру From IN от XIEXIN DANCE THEATRE

Возвращение под вопросом: директор Михаила Ефремова не стала подтверждать слухи о съемках актера

Самара вошла в топ городов-миллионников с высокими медианными зарплатами


Соболенко предложила тренерам, называвшим ее глупой, оставить работу в теннисе

США выиграли ЧМ по хоккею, информация об уходе Угальде из «Спартака». Главное к утру

Азаренко проиграла в 1/32 финала открытого чемпионата Франции по теннису

Елена Рыбакина вышла в третий круг Открытого чемпионата Франции — 2025


Пассажирский поезд Орск – Москва задержался из-за подозрительного гаджета

Нижний Новгород попал в десятку городов России с самыми крупными медианными зарплатами

Эксперты ГПМ Радио выступят на ежегодной конференции РАР в Сочи

Самара вошла в топ городов-миллионников с высокими медианными зарплатами


Музыкальные новости

Голованов прокомментировал рассказ МакSим о видениях в коме

«Я уже тогда предчувствовала!» Умница-дочка пошла по стопам Волочковой

Директор Арбениной Рерих назвала слова певицы о Гай Германике «легким стебом»

Концерт ко Дню соседей пройдет в Вороново



Relax FM приглашает на премьеру From IN от XIEXIN DANCE THEATRE

Насчёт дохода — накопительный счёт. «Выберу.ру» подготовил рейтинг лучших предложений в мае 2025 года

Люси Пылаева и гигантский Labubu: новый уровень модной иронии на RU.TV 2025

Эксперты ГПМ Радио выступят на ежегодной конференции РАР в Сочи


«Спартак» стал самым убыточным клубом по итогам сезона

Котировки команд РПЛ на следующий сезон

Трамп предупредил Путина, что Россия играет с огнем

Собянин подписал закон о штрафах для не прошедших экзамен на знание Москвы таксистов


На базе какого автомобиля сделан Москвич 6?

Камеры на МКАД сняли погоню оторвавшегося прицепа за легковушкой

«Желтый паравозик»: пять такси устроили ДТП на Ленинском проспекте в Москве

Соединяя Евразию, стимулируя процветание: Dongfeng Motor дебютирует на выставке COMvex 2025


Для участников специальной военной операции обеспечат возможность поступления на муниципальную службу

Путин отправил поздравление участникам Кубка президента России по самбо

Путин поручил меры по сохранению памяти о защитниках Родины

Путин предложил регионам рекомендации по обучению участников СВО





Врач-косметолог Зухра Балакеримова: самые эффективные косметологические процедуры для похудения

Как подготовиться к визиту к трихологу?

Пластический хирург Софья Абдулаева: когда вам может быть отказано в пластике

Почему дети с серьёзным хроническим заболеванием более общительны, но менее социализированы?


«РФ наступает»: ради чего Зеленский бросил западных друзей и бежал в Киев

Зеленский совершил очередную хамскую провокацию


Саймон Купер: человек, который заставил футбол заговорить по-новому

Что такое хоббихорсинг

Саймон Купер: человек, который заставил футбол заговорить по-новому

ЦСКА в сезоне 2024/25




Сергей Собянин. Главное за день

Собянин рассказал о сотрудничестве московских промпредприятий с вузами страны

Собянин заявил о росте объема операций по установке постоянных нейростимуляторов

Собянин: ночные маршруты охватывают почти 100 районов Москвы


Участники из Москвы, Воронежа, Иркутска и Екатеринбурга поделились опытом и знаниями на Геологическом семинаре ИРНИТУ

Лучшие приложения для того, чтоб отслеживать экологическую обстановку

Подтверждена совместимость платформы SpaceVM и ОС «ОСнова»: шаг к единой экосистеме отечественных ИТ-решений

Как подготовить бытовые отходы для переработки: советы и рекомендации


Жена Овечкина Шубская заявила, какой ценой ему далось побить рекорд Гретцки

"Евротранс" предложил дивиденды 3 рубля на акцию: 55 АЗС и планы на будущее

Пассажирский поезд Орск – Москва задержался из-за подозрительного гаджета

Эксперты ГПМ Радио выступят на ежегодной конференции РАР в Сочи


Арктика с женским лицом: Архангельск готовится к масштабному форуму лидеров и идей

Заместитель прокурора Архангельской области и Ненецкого автономного округа Павел Матанцев и Уполномоченный по правам ребенка в Ненецком автономном округе Галина Гуляева проведут личный приём жителей Ненецкого автономного округа по вопросам защиты пра

Архангельские гребцы завоевали две медали на первенстве России в Краснодаре

Жара накроет регионы России


Клубный дом Моне - жилой комплекс, вдохновленный искусством

«Поэма» в сердце города: новый уровень жизни в центре Симферополя

Мы служим книге, чтобы книга служила людям

Встреча друзей «Библиотека – волшебное место, где книгам не скучно, где всем интересно».


"Евротранс" предложил дивиденды 3 рубля на акцию: 55 АЗС и планы на будущее

Вильфанд: В Москве с началом лета температура снизится до +20 °C

РФС ведет переговоры с европейской сборной по товарищескому матчу

Снижение экспортной пошлины на пшеницу из России: минус 25% с 4 июня












Спорт в России и мире

Новости спорта


Новости тенниса
WTA

Рейтинг WTA. Рыбакина обошла Шнайдер, Джойнт поднялась на 25 строчек, Рахимова выпала из топ-80






АНО «НЦК ИСУ» анонсирует продукт для страхования импортозамещения ERP

В Твери будут снимать очередной сериал

Пассажирский поезд Орск – Москва задержался из-за подозрительного гаджета

Жена Овечкина Шубская заявила, какой ценой ему далось побить рекорд Гретцки