رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت عالم پارسا و با اخلاص حجةالاسلام حاج سید یحیی جعفری را تسلیت گفتند. در این متن آمده است: سالها خدمت به مردم در مسئولیتهای گوناگون و شئون متعدد روحانی، همراه با صفا و صدق در گفتار و رفتار، شاخصه‌ی این شخصیت عزیز و مُعتمَد بود. رحمت و رضوان الهی را برای ایشان مسألت میکنم.
