L'OMS le dit « préoccupant » mais que sait-on vraiment du variant indien ?
Ces dernières semaines, le variant indien du Covid-19, de son nom scientifique B.1.617+, a fait son apparition dans l'actualité de la pandémie. Sur son sous-continent d'origine puis dans une liste de pays s'allongeant, dont la France, où il a été détecté fin avril, d'abord en Nouvelle-Aquitaine. Que sait-on à ce jour sur ce B.1.617+ ?
Quand est-il apparu ?Le premier signalement date 5 octobre 2020 près de Nagpur, une ville située au centre géographique de l’Inde. Mais le séquençage complet, qui a formellement conclu à un variant des formes de Sars-Cov-2 connues, n'a été terminé par les scientifiques indiens qu'au mois de décembre. À ce stade, l'Organisation mondiale de la Santé le considérait comme « variant d'intérêt », soit à surveiller sans inquiétude majeure à ce stade.
En quoi consiste cette variation ?Le séquençage du B.1.617 – au 11 mai, 4.500 dans le monde – a permis d'identifier huit sous-mutations de la protéine S (spike), les plus courantes nommées B.1.617.1 ou B.1.617.2 et B.1.617.3, et toutes regroupées sous le sigle B.1.617+.
Son analyse structurelle a ciblé la zone RBD (Receptor Binding Domain), soit la région de la protéine S qui interagit avec le récepteur humain ACE2 pour infecter les cellules. Elle semble « suggérer que les mutations du variant lui conférerait une plus grande transmissibilité, ainsi qu'une possible résistance aux anticorps monoclonaux, qui sont utilisés pour contenir le Sars-Cov-2 chez les personnes touchées » indique l'OMS dans son dernier rapport sur le variant indien.
Contagiosité, virulence : Quelle situation en Inde ?Si les images et les chiffres de la flambée épidémique en Inde frappent les esprits – jusqu'à plus de 300.000 cas nouveaux et 4.200 morts par jour la semaine passée – il n'est pas scientifiquement possible d'incriminer exclusivement le variant B.1.617+.
Sur le plan technique, d'abord, les scientifiques indiens, aux premiers rangs desquels ceux du Translational Health Science and Technology Institute of India et de l'Indian SARS-CoV-2 Genomics Consortium, insistent sur le manque de données massives pour tirer des conclusions.
Puis ils pointent le manque de préparation sanitaire et d'écoute de la part des autorités politiques, les grands rassemblements de population, notamment religieux, les problèmes d'hygiène publique et le non-respect de gestes barrières comme porteurs de l'épidémie dans le pays. « Difficile de conclure à ce jour, si le variant a poussé cette vague épidémique ou s'il a en fait été porté par cette dernière. »
L'OMS le considère comme « préoccupant »Le Royaume-Uni, où ce criblage est nettement plus effectif, est devenu le pays du monde avec le plus de cas confirmés car séquencés (2.818 contre 2.106 en Inde). Si son Premier ministre, Boris Johnson, n'entend pas pour l'heure retarder le calendrier de déconfinement, il a indiqué ne pas s'interdire d'agir « localement » pour contenir la diffusion du variant.
Alors que les États-Unis sont le troisième pays au monde le plus touché, ses scientifiques saluent la décision de l'OMS de classer le variant indien en variant préoccupant », à l'instar des variants anglais, sudafricain et brésilien.
Stacia Wyman, chercheuse en génomique de l'Université de Berkeley, affirme ainsi dans un article du New York Times « c'est ce qui constitue la plus grande menace à l'heure actuelle en termes de transmissibilité, avec un nombre croissant de pays qui enregistrent une trajectoire ascendante du B.1.617+ ».
À ce jour, 49 pays ont confirmé la présence du variant indien. En France 35 cas ont été rélevés : 32 en métropole, deux en Guadeloupe et un à La Réunion.
Peut-on dire qu'il est plus dangereux ?
L'OMS fait état d'une étude préliminaire sur des hamsters auxquels le B.1.617.1 a été inoculé. Celle-ci a mesuré « des pertes de poids, une augmentation de la charge virale dans les poumons et des lésions dans ceux-ci plus importantes que dans d'autres variants ».
Des hôpitaux indiens ont signalé un nombre élevé de jeunes adultes et d'enfants testés positifs, ainsi qu'une augmentation chez les plus âgés, du nombre de formes graves nécessitant un apport d'oxygène aux patients. Mais en l'absence d'un séquençage systématique (l'OMS estime que 0.1 % des tests positifs sont séquencés en Inde), il n'est pas possible d'incriminer formellement le variant B.1.617+.
Si la recherche devra confirmer ou infirmer ces craintes, la dispersion du B.1.617+ « en augmentation rapide, avec un variant devenant prévalent dans de multiples pays », reste un puissant signal d'alarme, à l'échelle internationale.
Julien Bigay
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