Hospodaření IKEM má podle Nejvyššího kontrolního úřadu vážné nedostatky. Institut v letech 2022 až 2024 opakovaně porušoval zákony i vlastní pravidla při nakládání s veřejnými penězi a majetkem. Kontroloři našli pochybení u poloviny z 30 prověřovaných zakázek a upozornili také na případy, kdy IKEM zadával zakázky bez soutěže jedinému dodavateli.
