آیت الله محسن مجتهد شبستری در تمام ادوار مجلس خبرگان رهبری از طرف مردم استان آذربایجان شرقی به نمایندگی برگزیده شد و تا هنگام رحلت این سمت را بر عهده داشت. وی در سال ۱۳۷۳ از طرف مقام معظم رهبری به عنوان امام جمعه تبریز برگزیده شد. وی هم‌چنین عضو شورای مرکزی جامعهٔ روحانیت مبارز تهران بود.
