پس از بیانات جنجالی آقای منتظری در سال ۱۳۷۶، آیتالله شفیعی تمام قامت به حمایت از رهبر معظم انقلاب پرداخت و در درس خارج فقه خود گفت: «اینکه هر کسی به خودش اجازه بدهد؛ تحت هر بهانهای در بحث ولایت و رهبری شبهه کند، ابداً قابل قبول نیست و همگان باید بدانند که نباید با ساده لوحی و کجاندیشی یا خدای ناخواسته دنیاخواهی و حب جاه، در مسیر ولایت مانع ایجاد کنند...»
