Dla wielu przedsiębiorców KSeF oznacza nowy obowiązek i komplikacje. Komentarze na temat pierwszych dni działania systemu skupiały się na problemach technicznych i kosztach administracyjnych. Eksperci Allianz Trade jednak przypominają, że KSeF przyniesie gospodarce realne korzyści: przyspieszy realizację należności, a także ograniczy nadużycia i oszustwa. Wskazali przykład Włoch, gdzie wprowadzenie podobnego systemu przyczyniło się do rekordowego zmniejszenia luki VAT.