Посоветуйте с дублями

Уважаемые формучане, у меня такой вопрос

Сайт сделан на чистом html . Так получилось, что все страницы сайта имеют дубли, то есть каждая страница сайта имеет два адреса, один вида site.ru/site.html , другой site.ru/html/site.html. Яндекс определил дубли и в поиске некоторые страницы первого вида, а некоторые второго вида. Хотелось бы, чтобы страницы были только второго вида. Вопрос такой, если я удалю с сайта страницы первого вида, скажется ли это на поиске, ведь многие из них находятся в поиске? Или посоветуйте, как правильно сделать?