Пассажирские перевозки в Енисейском и Байкало-Ангарском бассейнах являются крайне значимыми для жителей северных и труднодоступных населенных пунктов, где внутренний водный транспорт является единственным средством сообщения.
По данным Росморречфлота, по состоянию на август 2024 года, в Енисейском бассейне перевезли 620 182 пассажиров, а на Ангаре и Байкале – 525 444. В 2023 году перевезли 722 954 и 720 803 человек соответственно.
Всего Администрация «Енисейречтранс» обслуживает 14 пассажирских линий. 5 – на Енисее и 9 – на Ангаре и Байкале. Работают 32 паромные переправы.
На реке Енисей основным направлением является линия от Красноярска до Дудинки. На маршруте работают комфортабельные суда «Валерий Чкалов», «Александр Матросов» и «Максим Горький». Скоростные суда проекта А45-1 дают возможность за один день добраться от Енисейска до Бора и преодолеть 470 км.
Большой популярностью пользуется пригородный маршрут Торговый центр – Усть-Мана на теплоходах проекта А45-1 и «Заря». Новым направлением перевозки пассажиров в пригородной зоне Красноярска являются перевозки на электрокатамаране «Экоходъ». Катамаран возит жителей и гостей края из Красноярска в Дивногорск и обратно. Кроме того, организованы прогулочные и экскурсионные маршруты.
В Байкало-Ангарском бассейне на реке Ангара рейсовый теплоход останавливается в 12 населенных пунктах, в некоторые из которых можно добраться лишь водным транспортом. Регулярно курсируют теплоходы на подводных крыльях «Метеор» по маршрутам Иркутск – Братск и Братск – Иркутск, за один рейс в среднем перевозят 120 человек.
Попасть на Ольхон, крупнейший остров озера Байкал, в навигационный период на автомобиле можно только при помощи бесплатных паромов, которые следуют по маршруту Ольхон – Сахюрта – Ольхон. Каждый паром выполняет по 17 рейсов в день, протяженность каждого рейса 4,4 км, а перевозится в среднем от 850 до 1840 пассажиров и от 150 до 390 единиц автотранспорта.
Ещё один популярный туристический маршрут Иркутск – порт Листвянка – Большие Коты – порт Листвянка – Иркутск протяженностью 160 км пути. Перевозка пассажиров осуществляется теплоходами типа «Восход».
На Ангаре в черте города Иркутска осуществляют свои рейсы прогулочные теплоходы «Сокол» и «Москва-67». Каждый из этих теплоходов за день в среднем перевозит около 300–350 пассажиров.
На Байкале курсируют круизные теплоходы: «Империя», «Николай Ерощенко», «Александр Великий» следуют по маршруту Порт Байкал – порт Листвянка – мыс Толстый – МРС – Хужир —–Ушканьи острова – Чивыркуйский залив – бухта Ая – Узуры – Байкальские Дюны – порт Листвянка – порт Байкал. За 8–10 дней пути можно преодолеть свыше 1240 км. Количество пассажиров на борту варьируется от 24 до 45.
