Эстонская православная церковь отказалась от упоминания Московского патриархата
Собор принял новую редакцию устава Церкви, в которой закрепляется самостоятельность в делах церковно-административных, церковно-хозяйственных, церковно-просветительских и церковно-гражданских. Также было изменено название Церкви на «Эстонская православная церковь». В ЭПЦ напомнили, что томос даровал патриарх Алексий II.
Собор одобрил деятельность Синода в переговорном процессе с государством.
Как сообщал «Русский мир», деятельность Эстонской православной церкви (ЭПЦ) может быть запрещена, если её руководство не захочет объединиться с раскольнической структурой — Эстонской апостольской православной церковью, подчиняющейся Фанару. Вице-канцлер МВД Эстонии Райво Кюйт отметил, что в стране свобода вероисповедания, и власти не решают такие вопросы, как объединение церквей. Но добавил, что если ЭПЦ откажется предпринять нужный властям шаг, речь пойдёт о госбезопасности, так что ей могут не позволить работать.
ЭПЦ не намерена поддерживать идею Таллина и переходить под юрисдикцию Константинопольского патриархата. Викарий Таллинской епархии, тартуский епископ Даниил считает, что в этой идее отсутствует конструктивное начало. Он заверил, что ни руководству, ни прихожанам эта инициатива, которая исходила от МВД Эстонии, не нравится.
Священнослужитель добавил, что ЭПЦ готова внести поправки в свой устав, убрав оттуда отсылки к уставу Русской православной церкви (РПЦ). Он также считает возможным получение ЭПЦ автокефального статуса, подчёркивая, что речь идёт о длительном процессе, который может продолжаться десятки лет.