Написать хук для потоков которые используют GetRawInputData
нужно чтобы программа ловила использование GetRawInputData у других потоков даже в фоне, не инжектилась в процессы
я рекомендую начать с этого:
https://github.com/mfakane/rawinput-sharp
http://www.rohitab.com/apimonitor