Запланированные исследования: появление штаммов Bordetella pertussis с дефицитом эритромицина, пертактина и нитчатого гемагглютинина — Пекин, Китай, 2022-2023 гг.
Коклюш, широко известный как коклюш, вызывается грамотрицательными бактериями. Бордетелла коклюш. Варианты вакцинации Б. Захлебывающийся кашель Вакцины включают цельноклеточные коклюшные (кК) и бесклеточные коклюшные (аК). Бесклеточные вакцины обычно состоят из белков, очищенных от… Б. Захлебывающийся кашельОсобенно нитевидный гемагглютинин (Fha), коклюшный токсин (Ptx) и пертактин (Prn), часто включающий фимбриальные белки (Fim2 и Fim3). В 1990-х годах многие страны рекомендовали заменить менее перекрестно-реактивные вакцины против ПП вакцинами против WP (1). В Китае Национальная программа иммунизации вводит вакцину против дифтерии и столбняка с 1980-х годов. Переход на вакцину против дифтерии и столбняка-aP (DTaP), которая включает Ptx, Prn и Fha в качестве биоактивных компонентов, произошел в период с 2007 по 2013 год (2).
Возрождение коклюша представляет собой серьезную глобальную проблему общественного здравоохранения, главным образом из-за ускользания вакцины и антигенных сдвигов в организме человека. Бордетелла коклюш. Была заметная разница в антигенах. Б. Захлебывающийся кашель между штаммами, циркулирующими в популяции, и штаммами, обнаруженными в вакцинах (3—4). Штаммы, имеющие новый промотор Ptx (ptxP3(выявлены в различных странах, включая Китай)5—7). Важные факторы вирулентности, такие как Prn и Fha, оба являются неотъемлемой частью… Б. Захлебывающийся кашель Вакцины показали различия. Первое сообщение о дефиците PRN Б. Захлебывающийся кашель Штаммы возникли в США в 1994 г. (4), аналогичные штаммы позже были идентифицированы в Китае в 2019 году (8). Случаи дефицита Fha Б. Захлебывающийся кашель Породы также были задокументированы. Кроме того, отмечен высокий уровень резистентности к макролидам. Б. Захлебывающийся кашель штаммы, особенно в Китае с 2013 года, которые связаны с мутацией A2037G в гене 23S рРНК (5—6).
С 2022 года две дозорные больницы в Пекине провели исследование по эпиднадзору за коклюшем, отслеживая случаи с подозрением на коклюш и проводя лабораторные исследования на коклюш. Б. Захлебывающийся кашель С помощью ПЦР в реальном времени с января 2022 г. по декабрь 2023 г. Всего 44 Б. Захлебывающийся кашель Штаммы были выделены из мазков из носоглотки, взятых у 44 амбулаторных пациентов, в том числе 13 младенцев, 28 детей и 3 взрослых. Эти штаммы были подвергнуты генетическому анализу путем секвенирования с использованием системы Illumina HiSeq 2500. Этот анализ был сосредоточен на генах, кодирующих восемь антигенов, связанных с вакцинами.btxa, btxc, btxp3, brn, fim2, fim3, fhaB, И tcfA) и ген системы секреции III типа (бакалавриат), были проанализированы с использованием BLAST с порогом E-значения 1e-5. Аллельные различия по btxa, btxc, btxp3, brn, fim2-1, fim3-1, fhaB, tcfA2, И бакалавриат Они были идентифицированы путем сравнения на платформе BIGSdb-Pasteur (https://bigsdb.pasteur.fr/cgi-bin/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_bordetella_seqdef). Все решено Бордетелла коклюш Штаммы имеют одинаковый антигенный профиль: ptxA1, ptxC2, ptxP3, prn150, fim2-1, fim3-1, fhaB1, tcfA2, И bscI2. Стоит отметить, что 14 штаммов имели прн150 аллель на той же последовательности ДНК, тогда как у остальных 30 штаммов этот аллель был разделен на две группы из-за генетического дефекта в участке на 240 п.н. выше прн сайт инициации, который был идентифицирован как общий механизм дефицита PRN (4). Это нарушение характеризовалось перекрытием 6 пар оснований (GCTAGA) и было связано с обратной вставкой IS481, на что указывает терминирующая последовательность «CTAG» (номер доступа M22031) (рис. 1). 1). Местоположение и ориентация этой вставки были подтверждены секвенированием третьего поколения двух штаммов, один из которых был интактным. прн150 (BJSY2023BRK008) и один сломан. прн150 (BJSY2022BRK001), который был выполнен на платформе PacBio. Полный геном BJSY2022BRK001 подтвердил обратную вставку IS481 в прн (Изображение 2). Кроме того, у двух штаммов наблюдался дефицит Fha, о чем свидетельствует делеция «G» в положении 1087 в гомологичном G-тракте Федеральное жилищное управлениеранее зарегистрированная мутация, вызывающая этот дефицит (3).
Сравнение завершилось сбоем прн Джин с полным прн150 аллель, выделяющий шесть перекрывающихся оснований (GCTAGA) между контигами. OP866997-prn150: не поврежден прн150.
Полностью охарактеризованные кольцевые и усеченные геномы. прн150 Гены. Фиолетовое кольцо обозначает BJSY2023BRK008, а голубое кольцо — BJSY2022BRK001. На схеме показаны полные структуры генов. прн150 И прн150 С реверсивным входом IS481.
каждый Бордетелла коклюш Штаммы имели идентичные последовательности гена 23S рРНК и обнаруживали мутацию A2037G. Тестирование чувствительности, проведенное с использованием электронных тест-полосок, показало, что все штаммы были устойчивы к эритромицину и азитромицину, при этом минимальные ингибирующие концентрации (МИК) превышали 256 мкг/мл.
Филогенетическое дерево было создано на основе 148 основных SNP. Б. Захлебывающийся кашель Геном. Эта сборка включает геномы всех штаммов, проанализированных в этом исследовании, два эталонных генома (Tohama I, NC002929.2 и CS, CP086368) и еще 102 генома, полученных из базы данных NCBI (BioProject no. PRJNA908268). Анализ не выявил специфической связи между 44 изолированными штаммами (Рисунок 3).
Филогенетическое дерево, основанное на основных SNP Бордетелла коклюш. Геном, отмеченный голубым фоном, был секвенирован в этом исследовании, а красные линии представляют собой штаммы с дефицитом Prn. Геномы, отмеченные красным и зеленым шестиугольником, представляют собой вакцинные штаммы и штаммы с дефицитом Fha соответственно. Штаммы, выделенные в ходе этого исследования, были распределены по различным группам внутри дерева.
Сокращение: SNP = однонуклеотидный полиморфизм.