اطلاق عنوان «مسئول پرونده هسته‌ای» به علی شمخانی، بار دیگر مسئله جایگاه وزارت امور خارجه در سیاست خارجی و نقش دولت در پیشبرد مذاکره هسته‌ای را زنده کرد. این چالش نه‌تنها در مورد پرونده هسته‌ای، بلکه در مورد بسیاری دیگر از پرونده‌های مهم سیاست خارجی که امنیت ملی کشور را تحت‌الشعاع قرار می‌دهند، وجود دارد.
