Церковь святого благоверного князя Александра Невского ведёт историю от тюремного храма. В 1850 году в Томске, на улице Александровской (улица Герцена), был построен острог, так называемые — арестантские роты № 2. Маленькая церковь находилась в одном из внутренних помещений острога, затем в 1856 году рядом со зданием тюрьмы был заложен фундамент нового храма. Строилась церковь по проекту архитектора А.П. Бехтера. Средства на постройку храма пожертвовал томский золотопромышленник З.М.
