The capture rate of reads from intracellular bacteria versus contaminants depends on the scRNA-seq technology and chemistry.
Abstract
The study of the tumor microbiome has been garnering increased attention. We developed a computational pipeline (CSI-Microbes) for identifying microbial reads from single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data and for analyzing differential abundance of taxa. Using a series of controlled experiments and analyses, we performed the first systematic evaluation of the efficacy of recovering microbial unique molecular identifiers by multiple scRNA-seq technologies, which identified the newer 10x chemistries (3′ v3 and 5′) as the best suited approach. We analyzed patient esophageal and colorectal carcinomas and found that reads from distinct genera tend to co-occur in the same host cells, testifying to possible intracellular polymicrobial interactions. Microbial reads are disproportionately abundant within myeloid cells that up-regulate proinflammatory cytokines like
IL1
Β and
CXCL8
, while infected tumor cells up-regulate antigen processing and presentation pathways. These results show that myeloid cells with bacteria engulfed are a major source of bacterial RNA within the tumor microenvironment (TME) and may inflame the TME and influence immunotherapy response.
Suspect arrested for ‘threatening to kill Trump and his VP pick JD Vance’ in Florida days after assassination attempt
Exclusive - Sayantani Ghosh expresses happiness as sets of her show Dahej Daasi shifted close to her home; says 'I've been manifesting this for quite some time now'
TV fame Drashti Dhami shares her workout routine during the pregnancy; see video
Mikel Arteta demands more Arsenal signings as he gives cryptic update on Riccardo Calafiori transfer
Спортивные игры в СЛД "Москва-Сортировочная" филиала "Московский"
Путин назначил Романа Курынина замглавы МЧС России
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
За полгода 14,9 тысячи жителей Московского региона оформили страховую пенсию в автоматическом режиме на портале госуслуг
Представители «Метровагонмаш-Сервиса» посетили СЛД «Москва-Сортировочная» филиала «Московский» компании «ЛокоТех-Сервис» для обмена опытом
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
С начала 2024 года 140 тысяч женщин и новорожденных Московского региона получили услуги по родовым сертификатам
Отрытый конкурс красоты и таланта «Одна на миллион»
Следователи задержали мужчину, напавшего на полицейского в Кореновске
Прощай, ЕС! Россия будет поставлять газ в Иран по сверхмощному трубопроводу
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
За полгода 14,9 тысячи жителей Московского региона оформили страховую пенсию в автоматическом режиме на портале госуслуг
Спортивные игры в СЛД "Москва-Сортировочная" филиала "Московский"
Путин назначил Романа Курынина замглавы МЧС России
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
С начала 2024 года 140 тысяч женщин и новорожденных Московского региона получили услуги по родовым сертификатам
Росгвардейцы обеспечили безопасность во время футбольных матчей в Москве
До конца июля анимационная компания «ЯРКО» проведет еще одно мероприятие в ТРЦ «Ривьера» – развлекательную программу по мотивам мультсериала «Команда МАТЧ» (27 июля).
Спортивные игры в СЛД "Москва-Сортировочная" филиала "Московский"
Спортсменки из Красногорска выиграли «Кубок футбольных мам» в Коломне