Część firm, które wybrały estoński CIT w trakcie roku, ma obecnie ogromny problem. Chodzi o formalności, jakie trzeba dopełnić w związku z przejściem na tę formę opodatkowania. Fiskus sprawdza bowiem spółki i jeśli dopatrzy się braku choćby jednego podpisu pod sprawozdaniem finansowym, to uznaje, że spółka nie wybrała skutecznie estońskiego CIT. To może skutkować dopłatą milionów złotych podatku.