رویه‌های ناعادلانه ممیزی و دریافت مالیات در سطح ملی به دلایل ساختاری و مدیریتی متعددی وابسته است که بر‌اساس نظر خبرگان حدود ۵۰ درصد این چالش‌ها ناشی از مشکلات کلان کشور است. عدم شفافیت قوانین مالیاتی، باعث برداشت‌های متفاوت و ناعادلانه در ممیزی می‌شود. تاثیرات سیاسی و فشارهای نفوذی می‌تواند منجر به معافیت یا کاهش مالیات برای افراد خاص شود. نبود معیارهای مشخص و شفاف برای ارزیابی، فرآیند ممیزی را غیرمنصفانه می‌کند. همچنین، عدم شفافیت در هزینه‌کرد دولت و نبود مشوق‌های مالیاتی برای کسب‌وکارهای کوچک موجب نارضایتی و فشار بر این کسب‌وکارها می‌شود. در نهایت، آموزش و پشتیبانی ناکافی برای ممیزان مالیاتی نیز خطاها و ناعادلانه بودن ممیزی‌ها را افزایش می‌دهد.
