Identification of intracellular bacteria from multiple single-cell RNA-seq platforms using CSI-Microbes | Science Advances
Abstract
The study of the tumor microbiome has been garnering increased attention. We developed a computational pipeline (CSI-Microbes) for identifying microbial reads from single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data and for analyzing differential abundance of taxa. Using a series of controlled experiments and analyses, we performed the first systematic evaluation of the efficacy of recovering microbial unique molecular identifiers by multiple scRNA-seq technologies, which identified the newer 10x chemistries (3′ v3 and 5′) as the best suited approach. We analyzed patient esophageal and colorectal carcinomas and found that reads from distinct genera tend to co-occur in the same host cells, testifying to possible intracellular polymicrobial interactions. Microbial reads are disproportionately abundant within myeloid cells that up-regulate proinflammatory cytokines like
IL1
Β and
CXCL8
, while infected tumor cells up-regulate antigen processing and presentation pathways. These results show that myeloid cells with bacteria engulfed are a major source of bacterial RNA within the tumor microenvironment (TME) and may inflame the TME and influence immunotherapy response.
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Новые звезды артистов, дизайнеров и предпринимателей зажглись на IV Фестивале “Красивый бизнес России – Мода. Музыка. Кино”
В Сочи подвели итоги конкурса национальной патриотической песни «Красная гвоздика» имени Иосифа Давыдовича Кобзона
В Люберцах сотрудники Росгвардии задержали подозреваемую в краже из магазина
Глава российского бренда натуральной косметики Seahava объявила о выходе на рынок БРИКС
Как выбрать драгоценный металл для помолвочного и
обручального кольца
Российские СМИ об искажениях истории в учебниках стран СНГ
Дети-пациенты Ставропольской психиатрической больницы посетили спортивный комплекс детского центра Family Park.
Новые лица отелей Hilton на Сейшелах
12-year-old debt: Joburg businessman ordered to repay R1 million to elderly sister
Who Is Caleb Williams' Girlfriend? He's Dating Alina Thyregod (Photos)
Hilarious moment Man Utd and England ace Kobbie Mainoo MOCKS injured team-mate Leny Yoro as he struggles to get into car
Camp Abilities closes out successful summer
В США университет провёл «успешную» фишинговую атаку с фейком о вирусе Эбола
StarLine S97 CAN FD GPS – на страже вашего спокойствия
Компания Great Wall привезет большой рамный внедорожник Haval H5 в Россию
Feral Interactive объявили о бета-тесте мультиплеера для Company of Heroes на Android
Закрытый альфа-тест DFUSE пройдёт в конце октября
After 20 years of patience and negotiations, RPG veteran Brian Fargo managed to buy back a lost haul of memorabilia from Fallout, Baldur's Gate, and more: 'It was like a very exciting version of Storage Wars'
Dragon Age: The Veilguard is getting a prequel in the form of an audio drama podcast
Новые звезды артистов, дизайнеров и предпринимателей зажглись на IV Фестивале “Красивый бизнес России – Мода. Музыка. Кино”
Светлана Петрова рассказала, ждать ли обвала цен на жильё
Музыкальный Продюсер. Известный музыкальный Продюсер.
Выставка «Города Георгия Гольца» откроется в Нижнем Новгороде 29 августа
Гол Са, спасения Агкацева и травма Лунёва: «Краснодар» в четвёртый раз подряд обыграл «Динамо» в РПЛ
Четыре ребенка пострадали в ДТП в центре Москвы
Новые звезды артистов, дизайнеров и предпринимателей зажглись на IV Фестивале “Красивый бизнес России – Мода. Музыка. Кино”
Эксперт: трафик в торговых центрах России накануне 1 сентября вырастет на 15%
Французская болезнь: как мир реагирует на задержание Павла Дурова
«Торпедо» сыграло вничью с «Черноморцем» — москвичи идут без поражений в сезоне Первой лиги
Медицинское оборудование в Москве от компании Medford: качество и передовые технологии
Рублёв проиграл Монфису на выставочном турнире в Нью-Йорке
Арина Соболенко показала, как проходит её день в Нью-Йорке
Рейтинг WTA. Носкова стала №25, Эрика Андреева поднялась на 14 строчек, Потапова – на пять
Александрова вышла в полуфинал турнира WTA-500 в Монтеррее
Медицинское оборудование в Москве от компании Medford: качество и передовые технологии
У посольства Франции в Москве прошла акция в поддержку Дурова
Shot: спутница Дурова Вавилова до переезда в Дубай жила в Москве
Эксперт: трафик в торговых центрах России накануне 1 сентября вырастет на 15%
Музыкальные новости
Ушел из жизни концертмейстер Башмета Юрий Мунтян
Николай Угожаев: «Моя новая короткая программа – под музыку Linkin Park. Попросил тренеров поставить ее еще в конце прошлого сезона»
Хмурый Лепс появился с 18-летней невестой на «Новой волне» — свадьба отменяется?
Как белорусская стриптизерша помогла привезти в Минск солиста группы Led Zeppelin
Студия Звукозаписи в Москве. Создание Песен, Музыки, Аранжировок.
Новые звезды артистов, дизайнеров и предпринимателей зажглись на IV Фестивале “Красивый бизнес России – Мода. Музыка. Кино”
Музыкальный Продюсер. Известный музыкальный Продюсер.
Студия Звукозаписи в Москве. Создание Песен, Музыки, Аранжировок.
В России выберут культурную столицу 2026 года
Источник: Посол России в США Антонов вернется в Москву в октябре
ЦСКА обыграл "Акрон" со счетом 4:0
В Москве мужчина выбросил младенца и жену с 16-го этажа. Его госпитализировали связанным
Источник 360.ru: Nissan врезался в ресторан в центре Москвы после ДТП с такси
Водитель легковой машины наехал на дорожное ограждение на Филатовском шоссе
Две машины столкнулись на Садовом кольце в Москве
Китай удивился, как Россия встретила его премьера: "Кремль повёл себя необычно"
Кто провоцирует "крутой дипломатический скандал" и почему пора бить тревогу.
Свой среди министров: Кто срывает договорённости Путина и Кима?
Восторгается Путиным и СССР: как боксер из Франции спас самолет от захвата
Улучшения во всех сферах: как и почему регулярный секс положительно влияет на здоровье
В квартире в Москве, откуда выпали женщина и ребенок, нашли антидепрессанты
РИА Новости: в Москве хирурги спасли пациентку с опухолью мозга размером с яблоко
Медицинское оборудование в Москве от компании Medford: инновации и надёжность
Зеленский пытался шантажировать премьера Индии Моди: а он одним намеком поставил "просроченного" на место
ФК «Краснодар» 25 августа в рамках шестого тура РПЛ сыграет с «Динамо»
РПЛ-2024/25. 6-й тур. «Динамо» — «Краснодар». Прямая трансляция
Мероприятие приуроченное ко Дню Государственного флага Российской Федерации состоялось на набережной реки
«Динамо» Москва — «Краснодар» — 0:1. Видеообзор матча
Сергей Собянин. Главное за день
Сергей Собянин: 166 парков Москвы являются объектами культурного наследия
Собянин рассказал, какие городские сервисы помогут подготовиться к учебному году
Собянин рассказал о реализации программы реновации на востоке Москвы
На Международном Детском культурном форуме Иркутскую область представили 12 участников
Дети участников СВО посетили центр реабилитации диких животных в Москве
"Надвигается волна аномального холода": погода в сентябре заставит тепло одеться
"На нас надвигается волна аномального холода": погода с 1 сентября заставит тепло одеться, температура упадет вниз
Shot: спутница Дурова Вавилова до переезда в Дубай жила в Москве
«Локомотив» — «Ростов»: объявлены стартовые составы на матч РПЛ
У посольства Франции в Москве прошла акция в поддержку Дурова
Французская болезнь: как мир реагирует на задержание Павла Дурова
Вильфанд предупредил о жаре в более чем 15 регионах России
Архангельская область выбилась в передовики по развитию туризма
Северный русский народный хор представит Архангельскую область на международном фестивале в Республике Узбекистан
В Архангельске подвели итоги работы Всероссийского медицинского трудового проекта Российских студенческих отрядов «Коллеги»
Еженедельный вестник катастроф
Телемачта Саранска 22 августа, в День российского флага окрасится в цвета триколора
Литературный агент для Писателей и Поэтов.
В Крыму трое мужчин избили подростков из-за мяча, попавшего в автомобиль
«Локомотив» — «Ростов»: объявлены стартовые составы на матч РПЛ
На форуме-фестивале «Москва 2030» подготовили ролик о столице будущего
Земельный участок будет доступен для аренды в Филимонковском
Звезду «Кривого зеркала» госпитализировали из-за проблем с сердцем