Attention-based deep clustering method for scRNA-seq cell type identification
by Shenghao Li, Hui Guo, Simai Zhang, Yizhou Li, Menglong Li
Single-cell sequencing (scRNA-seq) technology provides higher resolution of cellular differences than bulk RNA sequencing and reveals the heterogeneity in biological research. The analysis of scRNA-seq datasets is premised on the subpopulation assignment. When an appropriate reference is not available, such as specific marker genes and single-cell reference atlas, unsupervised clustering approaches become the predominant option. However, the inherent sparsity and high-dimensionality of scRNA-seq datasets pose specific analytical challenges to traditional clustering methods. Therefore, a various deep learning-based methods have been proposed to address these challenges. As each method improves partially, a comprehensive method needs to be proposed. In this article, we propose a novel scRNA-seq data clustering method named AttentionAE-sc (Attention fusion AutoEncoder for single-cell). Two different scRNA-seq clustering strategies are combined through an attention mechanism, that include zero-inflated negative binomial (ZINB)-based methods dealing with the impact of dropout events and graph autoencoder (GAE)-based methods relying on information from neighbors to guide the dimension reduction. Based on an iterative fusion between denoising and topological embeddings, AttentionAE-sc can easily acquire clustering-friendly cell representations that similar cells are closer in the hidden embedding. Compared with several state-of-art baseline methods, AttentionAE-sc demonstrated excellent clustering performance on 16 real scRNA-seq datasets without the need to specify the number of groups. Additionally, AttentionAE-sc learned improved cell representations and exhibited enhanced stability and robustness. Furthermore, AttentionAE-sc achieved remarkable identification in a breast cancer single-cell atlas dataset and provided valuable insights into the heterogeneity among different cell subtypes.
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Отделение СФР по Москве и Московской области проактивно открыло свыше 32 тысяч СНИЛС новорожденным
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
За полгода 14,9 тысячи жителей Московского региона оформили страховую пенсию в автоматическом режиме на портале госуслуг
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Родители 240,5 тыс. детей в Московской области получают единое пособие
Синоптики спрогнозировали тепло до +28 и грозы в Московском регионе 28 июля
Жители Балашихи помогут сделать родной город чище
Вторая жизнь пальм и вещей в Angsana Velavaru
Iris van Herpen haute couture осень-зима 2024
IWF signs off “state-of-the-art” training facilities for the Paris 2024 Olympics
Technology’s grip on modern life is pushing us down a dimly lit path of digital land mines
Meet Rayssa Leal: 16-year-old ‘Little Fairy’ of skateboarding hoping to go one better at Paris 2024 Olympics
Meet Adam Peaty, British swimming hero and three-time Olympic champ returning for Paris 2024 after extended break
Беспилотные трамваи начнут ездить по Москве и Санкт-Петербургу
Обложка песни. Обложки альбомов песен. Сделать обложку для песни.
Продолжается реконструкция автодороги Тогот – Курма в Иркутской области
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Более 12 тысяч жителей Москвы и Московской области получают повышенную пенсию за работу в сельском хозяйстве
Activision secretly experimented on 50% of Call of Duty players by 'decreasing' skill-based matchmaking, and determined players like SBMM even if they don't know it
Гайд по регистрации, установке и входу в Throne and Liberty для игроков из России и СНГ
Arena Breakout празднует 1 годовщину новой картой, игровым режимом и наградами
Blizzard politely tells Hearthstone players their game isn't dead just because it's not getting a new cosmetic board this expansion
Касети для розсади: як вони допомагають
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Родители 240,5 тыс. детей в Московской области получают единое пособие
Отделение СФР по Москве и Московской области проактивно открыло свыше 32 тысяч СНИЛС новорожденным
Традиционные чаепития и круизы в закат от Banyan Tree Vabbinfaru
«Душевная» гастрономия от Waldorf Astoria Seychelles Platte Island
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Родители 240,5 тыс. детей в Московской области получают единое пособие
В Москве самокатчиков штрафуют почем зря
На фоне роста доходов: с начала года россияне потратили вдвое больше денег на покупку авто
РИА: защита обжаловала арест экс-гендиректора ВСК Минобороны Белкова
Суд оставил без движения иск потерпевших при теракте в "Крокусе" к "Ингосстраху"
Суд оставил без движения иск потерпевших при теракте в «Крокусе» к «Ингосстраху»
Вторая жизнь пальм и вещей в Angsana Velavaru
РИА: защита обжаловала арест экс-гендиректора ВСК Минобороны Белкова
Даниил Медведев победил в первом круге олимпийского турнира по теннису
Главные интриги Олимпиады: кто из звезд спорта приедет в Париж и за кого болеть из России
Теннисистка Грачева, отказавшаяся играть за Россию в пользу Франции, вылетела с Олимпиады с «баранкой» в 1-м круге
Гауфф вышла в третий круг на дебютной для себя Олимпиаде
Суд оставил без движения иск потерпевших при теракте в «Крокусе» к «Ингосстраху»
РИА: защита обжаловала арест экс-гендиректора ВСК Минобороны Белкова
Чемпионат по военному многоборью завершился в Серпухове
Интер РАО создала компанию для управления энергомашиностроительными активами
Музыкальные новости
Обнародован райдер странного концерта Глеба Самойлова в Красноярске
Солисты Мариинки дадут в «Михайловском» концерт памяти отца Георгия Мицова
Представитель Самойлова опровергла слухи о том, что артист с трудом выступил в Красноярске
kp.ru: Лепс и Shaman стали самыми востребованными артистами в России в 2024 году
«Душевная» гастрономия от Waldorf Astoria Seychelles Platte Island
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
Родители 240,5 тыс. детей в Московской области получают единое пособие
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
За полгода 14,9 тысячи жителей Московского региона оформили страховую пенсию в автоматическом режиме на портале госуслуг
Отделение СФР по Москве и Московской области проактивно открыло свыше 32 тысяч СНИЛС новорожденным
Сбербанк подарил Пскову умный фонтан
Патрушев: для РФ неважно, кто будет возглавлять США - Трамп или Харрис
Адвокат Абрамова опроверг информацию о запрете Алсу приходить домой
Владимир Путин включил Айсена Николаева в новый состав президиума Госсовета РФ
Что известно о столкновении поезда с КамАЗом в Волгоградской области
Перевозка грузов рефконтейнерами
Три человека пострадали в ДТП на Новоарбатском мосту
Три человека пострадали в аварии на Новоарбатском мосту в столице
Пентагон не стал комментировать заявление Путина об ответе на размещение ракет США в ФРГ
В мерах против милитаризации Германии Россия ставит на гиперзвук
В мерах против Германии Россия ставит на гиперзвук
Александр Дюков: 90% установок на Омском НПЗ новые установки
Нервный импульс. Томские микрохирурги вернули 59-летнему жителю Германии эрекцию
Сеть клиник «Будь Здоров» займется разработкой инициатив по укреплению здоровья работающего населения
Врач Соломатина: обычную еду не заменить белковыми коктейлями
Врач Кондрахин: приступ тахикардии поможет остановить прием валокордина
Зеленский заявил, что Киев начнет обсуждение вопросов территориальной целостности
Модели из Москвы приписывают роман с чемпионом Европы по футболу Ямалем
В ТРЦ «Ривьера» прошла развлекательная программа по мотивам «Команды МАТЧ»
Росгвардейцы обеспечили безопасность на футбольном матче «Динамо» - «Локомотив» в Москве
Росгвардейцы обеспечили безопасность на футбольном матче «Динамо» - «Локомотив» в Москве
Лукашенко завершил визит в Россию и прибыл в Минск
Собянин рассказал о капремонте в столичном Центре паллиативной помощи
Собянин рассказал, как фестиваль «Лето в Москве. Сады и цветы» украсил город
Сергей Собянин. Главное за день
Собянин: В Москву привезли свыше 500 тыс. растений на фестиваль «Лето в Москве. Сады и цветы»
Участники челленджа от Инго Экосистемы 4 раза обогнули земной шар
В штабе общественной поддержки ЕР обсудили проекты сохранения прудов Москвы
Штаб общественной поддержки ЕР на выборах в МГД обсудил защиту водоёмов Москвы
Ежемесячную денежную выплату получают более 1,6 млн пострадавших от радиации
Бозкуш: Запад подбирается к Армении для борьбы с Россией
Бронируем поездку мечты: как в России развивается внутренний туризм
В административном здании на востоке Москвы произошел пожар
«Душевная» гастрономия от Waldorf Astoria Seychelles Platte Island
Спасатели МЧС РФ нашли пропавшую под Архангельском двухлетнюю девочку
В Поморье стартовал двенадцатый «Дирекцион-Норд»
В Архангельске завершился XII фестиваль духовых оркестров «Дирекцион-Норд»
Фестиваль военных духовых оркестров одновременно открылся в трех городах Поморья
Выставка исторической памяти
«В гости к нашим далеким предкам»
ко Дню Крещения Руси и Дню памяти равноапостольного
Великого князя Владимира
В Симферополе осужден местный житель, избивший посетителя кафе
К Международному дню тигра саранская телемачта «переоденется» в редкого хищника
В Симферополе стартует выставка производителей домов ХВОЯ 2024
Бронируем поездку мечты: как в России развивается внутренний туризм
«Душевная» гастрономия от Waldorf Astoria Seychelles Platte Island
Суд оставил без движения иск потерпевших при теракте в "Крокусе" к "Ингосстраху"
Чемпионат по военному многоборью завершился в Серпухове