A Bayesian inference method to estimate transmission trees with multiple introductions; applied to SARS-CoV-2 in Dutch mink farms
by Bastiaan R. Van der Roest, Martin C. J. Bootsma, Egil A. J. Fischer, Don Klinkenberg, Mirjam E. E. Kretzschmar
Knowledge of who infected whom during an outbreak of an infectious disease is important to determine risk factors for transmission and to design effective control measures. Both whole-genome sequencing of pathogens and epidemiological data provide useful information about the transmission events and underlying processes. Existing models to infer transmission trees usually assume that the pathogen is introduced only once from outside into the population of interest. However, this is not always true. For instance, SARS-CoV-2 is suggested to be introduced multiple times in mink farms in the Netherlands from the SARS-CoV-2 pandemic among humans. Here, we developed a Bayesian inference method combining whole-genome sequencing data and epidemiological data, allowing for multiple introductions of the pathogen in the population. Our method does not a priori split the outbreak into multiple phylogenetic clusters, nor does it break the dependency between the processes of mutation, within-host dynamics, transmission, and observation. We implemented our method as an additional feature in the R-package
phybreak . On simulated data, our method correctly identifies the number of introductions, with an accuracy depending on the proportion of all observed cases that are introductions. Moreover, when a single introduction was simulated, our method produced similar estimates of parameters and transmission trees as the existing package. When applied to data from a SARS-CoV-2 outbreak in Dutch mink farms, the method provides strong evidence for independent introductions of the pathogen at 13 farms, infecting a total of 63 farms. Using the new feature of the
phybreak package, transmission routes of a more complex class of infectious disease outbreaks can be inferred which will aid infection control in future outbreaks.
Новости России
Москва
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области напоминает:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Свыше 6,5 тысячи жителей Москвы и Московской области получили справки о статусе предпенсионера в клиентских службах регионального Отделения СФР и МФЦ
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
Токсиколог Кутушов назвал привычку ставить много будильников опасной для здоровья
«Мы не могли нормально работать»: как Азербайджан препятствовал оказанию помощи Красного Креста во время блокады Нагорного Карабаха. Фоторяд
37 российских туроператоров прекратили дальнейшую работу
Радио Romantika рекомендует open-air «Легенды мирового рока»
Певица Natalie Orlie: «Это был праздник жизни, наполненный улыбками и теплом»
Snell shines, Chapman plays hero as SF Giants rally for needed win
League One side Birmingham make £10m bid for Premier League striker that will shatter division’s transfer record
‘We’ll be woken up at 4am every DAY’ slam locals over £200m expansion of major UK airport… but some can’t wait
Crew of doomed Bayesian superyacht say they ‘saved who they could’
В России разработали технологию 3D-печати протезов пальцев
В России запустят производство промышленных роботов в 2025 году
Bluetooth-сканер штрих-кодов SAOTRON P04 на базе CMOS-матрицы
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
1 млн предрегистраций на Nigoriri Angels on Stage и релиз на этой неделе
Дедушка Мороз, ты подарки нам принес? 1.22.1
Asus ROG Zephyrus G16 (2024) GA605 review
The PC game releases we're most excited about in September
Як встановити ручки на планці для дверей
Як вибрати накладний замок
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
Радио привлекает внимание к социальным темам и меняет мир
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области напоминает:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области напоминает:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
"Яндекс Аренда": средняя ставка аренды жилья в России за месяц выросла на 12%
Аналитик Васильев: доллар до конца года будет стоить около 90 рублей
Антонов сообщил об отказе США выдавать визы учителям при посольстве РФ
"Надо пополнить фонд класса": Поборы на ремонт в школах удивили родителей
Жительница Ленобласти угнала машину в Москве
Главные новости за 02 сентября, Нижний Новгород: Буйный пациент напал на анестезиолога, ночью сгорели 5 грузовиков и другие
Медведев всухую выиграл первый сет у Боржеша в матче 4-го круга US Open
Шнайдер: чувствую, что США для меня — второй дом
Рублёв повредил руку ракеткой в матче 1/8 финала US Open
Теннисист Рублев проиграл Димитрову в матче четвертого круга US Open
Ледовый процесс: что решил суд по делу о переходе фигуристки от Плющенко к Тутберидзе
Подозреваемых в тройном убийстве задержали под Вологдой
Тайны "Золотого кольца" центральных площадей. Часть 1
Главные новости за 02 сентября, Нижний Новгород: Буйный пациент напал на анестезиолога, ночью сгорели 5 грузовиков и другие
Музыкальные новости
Гарик Burito рассказал о фитах: «Рок-музыка – это моя опора»
Бывший Кубанский Мариинский женский институт отметит 115-летие
В Сочи подвели итоги конкурса национальной патриотической песни «Красная гвоздика» имени Иосифа Давыдовича Кобзона
«Результат моих действий исключительно положительный» // Экс-замглавы Минцифры Максим Паршин не считает, что совершил что-то коррупционное
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
ТАСС: задержанного за взятку генерала Муминджанова отправили в Москву
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Радио привлекает внимание к социальным темам и меняет мир
Прекрасной игры участникам теннисного турнира памяти Ю. М. Лужкова пожелала Елена Батурина
Токсиколог Кутушов назвал неожиданную пользу лисичек в борьбе с паразитами
Алекс Анохин, Алексей Гомон, Родион Газманов и другие звезды на 5-летии Детского хосписа
В Петербурге медики пытаются реанимировать мужчину, который пострадал при пожаре
Известный фаготист Попов госпитализирован после ДТП в центре Москвы
Ежегодный фестиваль технических видов спорта пройдет в Москве в День города
В КХЛ может появиться новый клуб из Москвы, России нашли замену на ОИ. Итоги дня в хоккее
Сын генерала Муминджанова оказался владельцем BMW и квартиры в элитном ЖК Москвы
Путин рассказал о работе над трехсторонними отношениями с КНР и Монголией
Эксперт: В Монголии Москве интересны модернизация ТЭС и проект «Союз Восток»
Путин: Россия готова обеспечить Монголию топливом и ГСМ по льготным ценам
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
От дефицита витаминов до болезни: пять причин, почему сохнут губы
В госпитальной школе подмосковного онкодиспансера прозвенел первый звонок
Собянин назвал лично лекарств, произведенных по офсетным контрактам
Суд арестовал курьера, пытавшегося изнасиловать девушку-инвалида в Москве
Экс-футболист сборной России: «В Москве из-за невероятных пробок на день невозможно запланировать несколько дел»
Дмитрий Черышев: Денис не завершил карьеру и ведёт переговоры с клубами
Новый персонаж сериала «Команда МАТЧ» Шоня стал талисманом «Матч ТВ»
Губернатор Орловской области Андрей Клычков встретился со студентам Мезенского педколледжа
"Если попробуют более жёстко, погибнет вся планета": Лукашенко предупредил США
Лукашенко советует молодежи в регионах не стремиться в Минск
Собянин назвал лично лекарств, произведенных по офсетным контрактам
Собянин: Более 2,4 млн упаковок лекарств получил город по офсетным контрактам
Собянин открыл школу на юго-западе Москвы после реконструкции
Собянин: В 2025 году завершится обновление 50 зданий школ
Синоптик Ильин: аномальная жара в Москве связана с антициклоном
Систему городского транспорта Москвы предложено дополнить малогабаритными электромобилями
В воскресенье еще потеплеет: с чем связана аномальная жара в Москве в сентябре
Около 49 тысяч человек посетили Московский Медиафестиваль
В Подольске 14 сентября пройдет фестиваль «Тяга Фест II»
Тайны "Золотого кольца" центральных площадей. Часть 1
ПКР поздравляет Зою Щурову с завоеванием серебряной медали на XVII Паралимпийских летних играх в Париже
Подозреваемых в тройном убийстве задержали под Вологдой
Ревнивый муж залил зеленкой бывшего мэра Архангельска на съемках фильма
В Ярославской области выполнен ремонт магистрального трубопровода
Архангельские работодатели жалуются на старение населения в регионе
Снайперы из Пскова научились поражать цели на сверхдальних расстояниях
Книжная выставка-реквием "В служении верном Отчизне клянусь!"
Выставка крымского имени «Тайны души и творчества Алемдара Караманова»
Выставка-обращение «Наш мир без террора»
Встреча друзей «Храм науки, мечтаний, чудес»
Автоэксперт Попов опроверг данные о 500 тысячах за перенастройку дорожной камеры
Жительница Ленобласти угнала машину в Москве
Россиянка лишилась пальца из-за обручального кольца
Главные новости за 02 сентября, Нижний Новгород: Буйный пациент напал на анестезиолога, ночью сгорели 5 грузовиков и другие