A small step to discover candidate biological control agents from preexisting bioresources by using novel nonribosomal peptide synthetases hidden in activated sludge metagenomes
by Shun Tomita, Kyohei Kuroda, Takashi Narihiro
Biological control agents (BCAs), beneficial organisms that reduce the incidence or severity of plant disease, have been expected to be alternatives to replace chemical pesticides worldwide. To date, BCAs have been screened by culture-dependent methods from various environments. However, previously unknown BCA candidates may be buried and overlooked because this approach preferentially selects only easy-to-culture microbial lineages. To overcome this limitation, as a small-scale test case, we attempted to explore novel BCA candidates by employing the shotgun metagenomic information of the activated sludge (AS) microbiome, which is thought to contain unutilized biological resources. We first performed genome-resolved metagenomics for AS taken from a municipal sewage treatment plant and obtained 97 nonribosomal peptide synthetase (NRPS)/polyketide synthase (PKS)-related gene sequences from 43 metagenomic assembled bins, most of which were assigned to the phyla Proteobacteria and Myxococcota. Furthermore, these NRPS/PKS-related genes are predicted to be novel because they were genetically dissimilar to known NRPS/PKS gene clusters. Of these, the condensation domain of the syringomycin-related NRPS gene cluster was detected in
Rhodoferax- and
Rhodocyclaceae-related bins, and its homolog was found in previously reported AS metagenomes as well as the genomes of three strains available from the microbial culture collections, implying their potential BCA ability. Then, we tested the antimicrobial activity of these strains against phytopathogenic fungi to investigate the potential ability of BCA by
in vitro cultivation and successfully confirmed the actual antifungal activity of three strains harboring a possibly novel NRPS gene cluster. Our findings provide a possible strategy for discovering novel BCAs buried in the environment using genome-resolved metagenomics.
Moscow.media
Частные объявления сегодня
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
Токсиколог Кутушов назвал привычку ставить много будильников опасной для здоровья
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области напоминает:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Соцфонд проиндексирует пенсии работающим пенсионерам в феврале
И жили они долго и счастливо
Деловые мероприятия на выставке «Интерткань-2024. Осень» 10-12 сентября
Анекс сделал заявление по Таиланду: теперь рейсы на Пхукет будут выполняться из 14 городов России, а в Паттайю из 4-х
Радио Romantika рекомендует open-air «Легенды мирового рока»
Snell shines, Chapman plays hero as SF Giants rally for needed win
League One side Birmingham make £10m bid for Premier League striker that will shatter division’s transfer record
Crew of doomed Bayesian superyacht say they ‘saved who they could’
‘We’ll be woken up at 4am every DAY’ slam locals over £200m expansion of major UK airport… but some can’t wait
Шоу-кар в ретро-стиле Hyundai N Vision 74 отправится в серийное производство
Энергетики нуждаются в ПО для управления потерями электроэнергии
США снова отложили введение тарифов на китайские электромобили
На трассе М-12 Восток в Татарстане заработала новая МФЗ
The PC game releases we're most excited about in September
Doomsday: Last Survivors 1.33.0
Asus ROG Zephyrus G16 (2024) GA605 review
Дедушка Мороз, ты подарки нам принес? 1.22.1
Як вибрати накладний замок
Як встановити ручки на планці для дверей
ТАСС: задержанного за взятку генерала Муминджанова отправили в Москву
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
Радио привлекает внимание к социальным темам и меняет мир
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области напоминает:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Детское радио приглашает в мир безопасного контента
СЕНСАЦИЯ В ЯДЕРНОМ ОРУДИИ: "ПОСЕЙДОН РЭМЫЧ". ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ТЕХНОЛОГИЯ. Очень важные данные для России и всего мира!
Грибная охота: токсиколог Кутушов рассказал, как избежать отравления и собирать только безопасные грибы
ТАСС: задержанного за взятку генерала Муминджанова отправили в Москву
Пассажирский Airbus совершил экстренную посадку в аэропорту Минеральные Воды
Сергей Иванов предложил расширить программу субсидированных перелётов
СЕНСАЦИЯ В ЯДЕРНОМ ОРУДИИ: "ПОСЕЙДОН РЭМЫЧ". ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ТЕХНОЛОГИЯ. Очень важные данные для России и всего мира!
Детское радио приглашает в мир безопасного контента
Шнайдер: чувствую, что США для меня — второй дом
Новак Джокович опустится минимум на четвёртую строчку рейтинга ATP
Теннисист Рублев проиграл Димитрову в матче четвертого круга US Open
Теннисист Медведев обыграл Боржеша и вышел в 1/4 финала US Open
Сергей Иванов предложил расширить программу субсидированных перелётов
Пассажирский Airbus совершил экстренную посадку в аэропорту Минеральные Воды
Лесной пожар ликвидировали в городском округе Ступино
Shot: у сына задержанного генерала Муминджанова нашли квартиру в ЖК Москвы
Музыкальные новости
Жена Макаревича рассказала, что усложняет ей общение с детьми мужа от предыдущих отношений
Девушка рэпера Тимати Валентина Иванова снялась в белом платье
Певец Филипп Киркоров заявил, что переплюнул Майкла Джексона
Хорошо провели время вместе: беременная певица Карди Би воссоединилась с бывшим мужем ради сына
ТАСС: задержанного за взятку генерала Муминджанова отправили в Москву
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
Филиал № 4 ОСФР по Москве и Московской области информирует:
В Московском регионе 11,4 тысячи пап находятся в отпуске по уходу за ребенком
Радио привлекает внимание к социальным темам и меняет мир
Источник 360.ru: в Бибирево водитель Hyundai сбил подростка на переходе
Российская певица Ольга Шультайс стала трижды титулованной королевой на Миссис Бизнес Москва’24
Стало известно о задержке нескольких рейсов из «Внуково»
Лидер Metallica Джеймс Хэтфилд появился в новом фрагменте фильма «Чаща»
Ежегодный фестиваль технических видов спорта пройдет в Москве в День города
Водитель Mercedes избил мужчину и переехал его в Москве
Жительница Ленобласти угнала машину в Москве
Сын генерала Муминджанова оказался владельцем BMW и квартиры в элитном ЖК Москвы
Заместитель управляющего ОСФР по г. Москве и Московской области Алексей Путин об индексации работающим пенсионерам
Путин назвал развитие связей с Монголией одним из приоритетов РФ
Путин рассказал о работе над трехсторонними отношениями с КНР и Монголией
Путин: Россия готова обеспечить Монголию топливом и ГСМ по льготным ценам
Педиатр Константинова: пример семьи имеет большое значение в борьбе с ожирением у детей
В госпитальной школе подмосковного онкодиспансера прозвенел первый звонок
Собянин назвал лично лекарств, произведенных по офсетным контрактам
Собянин: Более 2,4 млн упаковок лекарств получил город по офсетным контрактам
Все на футбол! «НАШЕ Радио» устроит в Москве спортивный праздник
Новый персонаж сериала «Команда МАТЧ» Шоня стал талисманом «Матч ТВ»
Дмитрий Черышев: Денис не завершил карьеру и ведёт переговоры с клубами
Экс-футболист сборной России: «В Москве из-за невероятных пробок на день невозможно запланировать несколько дел»
"Если попробуют более жёстко, погибнет вся планета": Лукашенко предупредил США
Лукашенко советует молодежи в регионах не стремиться в Минск
Собянин назвал лично лекарств, произведенных по офсетным контрактам
Собянин открыл школу на юго-западе Москвы после реконструкции
Собянин: Более 2,4 млн упаковок лекарств получил город по офсетным контрактам
Собянин: В 2025 году завершится обновление 50 зданий школ
Систему городского транспорта Москвы предложено дополнить малогабаритными электромобилями
Птицы массово гибнут на пруду в Новой Москве
Синоптик Ильин: аномальная жара в Москве связана с антициклоном
В воскресенье еще потеплеет: с чем связана аномальная жара в Москве в сентябре
Детское радио приглашает в мир безопасного контента
Сергей Иванов предложил расширить программу субсидированных перелётов
В 6-й день Паралимпийских игр спортсмены из России примут участие в 14 медальных видах программы
Муминджанову может грозить до 15 лет колонии в случае обвинительного приговора
Архангельские работодатели жалуются на старение населения в регионе
Снайперы из Пскова научились поражать цели на сверхдальних расстояниях
Ревнивый муж залил зеленкой бывшего мэра Архангельска на съемках фильма
В Ярославской области выполнен ремонт магистрального трубопровода
Книжная выставка-реквием "В служении верном Отчизне клянусь!"
Встреча друзей «Храм науки, мечтаний, чудес»
Выставка-обращение «Наш мир без террора»
1 и 2 сентября филиал РТРС «РТПЦ Республики Мордовия» и Министерство образования Республики Мордовия проведут совместную акцию, приуроченную ко Дню знаний и началу нового учебного года.
Синоптик Ильин сообщил о похолодании к концу первой недели осени в Москве
Заместитель Министра обороны РФ Павел Фрадков в День знаний напутствовал московских суворовцев
Сергей Иванов предложил расширить программу субсидированных перелётов
Большинство россиян положительно относятся к Дню знаний